Je begrip van genotype en fenotype is niet geheel correct. Het genotype bestaat uit alle genetische informatie die vanaf de geboorte vaststaat. Het fenotype, echter, is een combinatie van de genetische factoren en omgeving. Dat is waarom het fenotype in eenzelfde diersoort nooit geheel gelijk is.
De link tussen genetische factoren en omgeving wordt o.a. verklaard aan de hand van epigenetica. Epigenetica, kortweg, is hoe de omgeving bepaalde genen 'aan/uit' kan zetten en zodoende de het vertaling stigma 'DNA --> RNA --> eiwit' reguleren. Hierover wordt nog veel onderzoek gedaan; het is nog niet geheel duidelijk hoe omgevingsstimuli een gevolg hebben het wel of niet vertalen van de genetische informatie.
Nu ben ik geen expert in het bepalen van evolutionaire stambomen, maar zover ik heb begrepen is het momenteel een combinatie van homologie analyse (bio-informatica) en anatomie/fysiologie.
Ik geloof dat het bepalen van een evolutionaire stamboom simpelweg te bewerkelijk is op basis van genetica alleen. Dit omdat het op basis gaat van de DNA sequenties, verscheidene analyses ervan (conservering van genen, functie-analyse van genen, epigenetica etc.) en het genoom simpelweg erg ingewikkeld in elkaar zit. Sowieso vereist het krijgen van die DNA sequenties het volgende: materiaal om DNA uit te isoleren, erg dure technieken (zoals sequencing). Sowieso bij fossielen is het al erg moeilijk om alleen al het materiaal te krijgen, om al niet te spreken van alle kosten die komen kijken bij het genetisch analyseren van alle diersoorten.
Wat dat betreft lijkt het mij voornamelijk een praktische zaak dat het bepalen van een evolutionaire stamboom op basis van anatomische/fysiologische eigenschappen wordt gedaan. Die informatie is direct te verkrijgen vanuit de diersoorten/fossielen die je ziet, en is veel beter uit te kaarten dan de genetische informatie. Het is dus gemakkelijker, goedkoper en minder tijdrovend.
Als ik praktisch naar je idee zou kijken, en hoe je dit zou kunnen uitwerken... zou ik je suggereren om eens in te gaan lezen in sterk geconserveerde genen. Dit zijn genen die weinig veranderingen in de gensequentie en eiwit functie laten zien, wat betekend dat ze erg belangrijk zijn... en hoogstwaarschijnlijk ook al in vroegere generaties aanwezig waren. Ik betwijfel echter of je hiermee een correcte evolutionaire boom gaat krijgen.
