OP het internet vind je soms tweedehands betaalbare electroforese toestellen te koop.Kan iemand eens iets uitleggen,hoe electroforese eigenlijk werkt ?Iemand zei me eens iets over een gel.Is dat gel geleidend ?
Stroomwaarde ? Spanning ?Heeft het iets te maken met electrolyse ?Hoe gaat men te werk ?Het enige dat ik met zekerheid weet,is dat men met die methode de PSA waarden meet in het medisch labo.
Laatste berichten
-
10:15
2013 – Augustus Vraag 3 3
-
09:54
Bruine vlekken op treinaanwijzerbord 6
-
23:07
Rood laserlicht 2
-
15:28
Vraag 2009 Juli Vraag 5 5
-
12:51
positie 2
-
10:44
Schroefdraad berekening 8
-
24 apr
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
23 apr
Weerfrustratie 9
-
23 apr
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 15
-
23 apr
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 7
-
23 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
-
23 apr
De Euro Nederlandse 100 qubit computer komt eraan
-
23 apr
projectiel 8
-
23 apr
Verschil tussen deze 2 vragen 5
-
23 apr
[scheikunde] berekeningen labo vitamine c bepaling 1
-
22 apr
[wiskunde] rode en witte ballen verdelen 8
-
22 apr
Rotatie van het heelal 41
-
22 apr
Muntje opgooien 14
-
21 apr
Reactiviteit silyl enol ethers 1
-
21 apr
Criterium voor vochtretentie
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
Electroforese
Moderator: ArcherBarry
Forumregels
(Middelbare) school-achtige vragen naar het forum "Huiswerk en Practica" a.u.b.
Zie eerst de Huiswerkbijsluiter
(Middelbare) school-achtige vragen naar het forum "Huiswerk en Practica" a.u.b.
Zie eerst de Huiswerkbijsluiter
-
- Berichten: 8.557
Re: Electroforese
Electroforese is een verzamelnaam voor een aantal verschillende methoden. Men kan dit onder andere toepassen op DNA en eiwitten. Hoewel de details verschillen is het principe hetzelfde.
De standaard opstelling bestaat uit een gel (meervoud is gelen, niet gellen oid) een electrodebuffer en een spanningsbron die hierop is aangesloten.
Door een electrische stroom door de gel te laten lopen zal het monster onder invloed van zijn eigen electronegativiteit gaan lopen (runnen). De lading van het monster kan worden gevarieerd door de pH waarde van de gel te varieëren. De bekendste vorm van electroforese is waarschijnlijk de 2-D electroforese. Deze bestaat respectievelijk uit 2 methoden; IEF (iso electric focussing) en SDS-page (Sodium Dodecyl sulfaat polyacramide gel electroforese).
Bij IEF bewegen eiwitten over een pH gradiënt (van pH 3 tot pH 10 of van pH 4 tot pH 7) en er wordt een electroforese uitgevoerd. Vervolgens beweegt elk eiwit over de strip, totdat de pH op de strip gelijk is met het isoelectrisch punt. De nettolading van het eiwit is in dit geval gelijk aan nul en stopt met bewegen. Deze techniek scheidt op basis van ioniseerbare restgroepen van aminozuren.
Het tweede deel betreft SDS-PAGE. PAGE staat voor polyacrylamide gel electroforese. SDS (sodium dodecyl sulfate) is een anionisch detergent dat eiwitten denatureert en polypeptiden een uniforme negatieve ladingsdichtheid geeft.
Nadat gebruik is gemaakt van isoelectric focussing wordt de pH gradiënt strip ondergedompeld in SDS buffer. Daarna wordt 2-mercapto-ethanol toegevoegd. Dit bevordert de denaturatie doordat de zwavelbruggen worden verbroken. SDS en 2-mercapto-ethanol hebben geen invloed op de karakteristieke eigenschappen van GFP. Daarna wordt de strip geplaatst op het randje van een SDS-PAGE sheet, waarover een voltage in de juiste hoeken van de strip wordt gezet. Onder deze omstandigheden migreren polypeptiden over de polyacrylamide gel op basis van het logaritme van hun massa. Dat betekent dat de kleinste polypeptiden het snelst bewegen in een bepaalde tijd, afhankelijk van de poriegrootte in de gel.
Als gebruik wordt gemaakt van fluorescerend gelabelde eiwitten, kunnen nieuwe gesynthetiseerde eiwitten ontdekt worden. De voltage, dat over het elektrische veld wordt gezet, is kiesbaar. Afhankelijk van de voltage zullen de polypeptiden sneller of langzamer lopen. Aangezien een beter resultaat verkregen wordt wanneer de polypeptiden niet te snel zullen lopen, wordt de voltage niet te hoog gezet. De voltage is afhankelijk van de concentratie van de gel.
De tijd van deze bepaling is dus afhankelijk van de voltage. SDS kan duizenden eiwitten uit een eiwitmix halen. SDS kan zelfs polypeptiden die qua molaire massa minder dan 10 % van elkaar verschillen, uit elkaar halen. Het kan echter geen polypeptiden met een gelijke massa scheiden. Daarom wordt gebruik gemaakt van isoelectric focussing zoals eerder beschreven. Bij de zuivering van GFP is het van belang dat de molaire massa van dit eiwit bekend is.
De standaard opstelling bestaat uit een gel (meervoud is gelen, niet gellen oid) een electrodebuffer en een spanningsbron die hierop is aangesloten.
Door een electrische stroom door de gel te laten lopen zal het monster onder invloed van zijn eigen electronegativiteit gaan lopen (runnen). De lading van het monster kan worden gevarieerd door de pH waarde van de gel te varieëren. De bekendste vorm van electroforese is waarschijnlijk de 2-D electroforese. Deze bestaat respectievelijk uit 2 methoden; IEF (iso electric focussing) en SDS-page (Sodium Dodecyl sulfaat polyacramide gel electroforese).
Bij IEF bewegen eiwitten over een pH gradiënt (van pH 3 tot pH 10 of van pH 4 tot pH 7) en er wordt een electroforese uitgevoerd. Vervolgens beweegt elk eiwit over de strip, totdat de pH op de strip gelijk is met het isoelectrisch punt. De nettolading van het eiwit is in dit geval gelijk aan nul en stopt met bewegen. Deze techniek scheidt op basis van ioniseerbare restgroepen van aminozuren.
Het tweede deel betreft SDS-PAGE. PAGE staat voor polyacrylamide gel electroforese. SDS (sodium dodecyl sulfate) is een anionisch detergent dat eiwitten denatureert en polypeptiden een uniforme negatieve ladingsdichtheid geeft.
Nadat gebruik is gemaakt van isoelectric focussing wordt de pH gradiënt strip ondergedompeld in SDS buffer. Daarna wordt 2-mercapto-ethanol toegevoegd. Dit bevordert de denaturatie doordat de zwavelbruggen worden verbroken. SDS en 2-mercapto-ethanol hebben geen invloed op de karakteristieke eigenschappen van GFP. Daarna wordt de strip geplaatst op het randje van een SDS-PAGE sheet, waarover een voltage in de juiste hoeken van de strip wordt gezet. Onder deze omstandigheden migreren polypeptiden over de polyacrylamide gel op basis van het logaritme van hun massa. Dat betekent dat de kleinste polypeptiden het snelst bewegen in een bepaalde tijd, afhankelijk van de poriegrootte in de gel.
Als gebruik wordt gemaakt van fluorescerend gelabelde eiwitten, kunnen nieuwe gesynthetiseerde eiwitten ontdekt worden. De voltage, dat over het elektrische veld wordt gezet, is kiesbaar. Afhankelijk van de voltage zullen de polypeptiden sneller of langzamer lopen. Aangezien een beter resultaat verkregen wordt wanneer de polypeptiden niet te snel zullen lopen, wordt de voltage niet te hoog gezet. De voltage is afhankelijk van de concentratie van de gel.
De tijd van deze bepaling is dus afhankelijk van de voltage. SDS kan duizenden eiwitten uit een eiwitmix halen. SDS kan zelfs polypeptiden die qua molaire massa minder dan 10 % van elkaar verschillen, uit elkaar halen. Het kan echter geen polypeptiden met een gelijke massa scheiden. Daarom wordt gebruik gemaakt van isoelectric focussing zoals eerder beschreven. Bij de zuivering van GFP is het van belang dat de molaire massa van dit eiwit bekend is.
"Meep meep meep." Beaker
-
- Berichten: 84
Re: Electroforese
Aanvullingen
Betere scheiding wordt behaald met andere technieken zoals RP-HPLC
Polyacrylamide gelen worden gemaakt door polymerisatie van acrylamide en N,N'-methylene-bis-acrylamide. De verhouding tussen die twee bepaalt de poriegrootte.Dat betekent dat de kleinste polypeptiden het snelst bewegen in een bepaalde tijd, afhankelijk van de poriegrootte in de gel.
Er moet ook rekening mee gehouden worden dat een hoger voltage meer warmteproductie in de buffer zal veroorzaken. Dit kan zowel voor gel als eiwit nadelige gevolgen hebben. Bij capillaire electroforese bestaat dit probleem niet en kunnen wel zeer hoge voltages gebruikt worden.De voltage, dat over het elektrische veld wordt gezet, is kiesbaar. Afhankelijk van de voltage zullen de polypeptiden sneller of langzamer lopen. Aangezien een beter resultaat verkregen wordt wanneer de polypeptiden niet te snel zullen lopen, wordt de voltage niet te hoog gezet.
Wat in feite geen zo'n denderend resultaat is. Daarom wordt SDS PAGE meestal niet gebruikt om kleine verschillen op te merken.SDS kan zelfs polypeptiden die qua molaire massa minder dan 10 % van elkaar verschillen, uit elkaar halen.
Betere scheiding wordt behaald met andere technieken zoals RP-HPLC
-
- Berichten: 8.557
Re: Electroforese
SDS-page opzich is niet afdoende daarom is het dus ook noodzakelijk om een IEF uit te voeren. Natuurlijk is dit met andere methoden te combineren zoals het gebruik van verschillende kolommen; een HIC kolom bijvoorbeeld.
"Meep meep meep." Beaker
-
- Berichten: 1.379
Re: Electroforese
De vraag van Zeeman over wat nu eigenlijk electroforese is, is hierboven nog niet beantwoord. Aan al deze details moet voorafgaan een definitie van electroforese als een electrokinetisch verschijnsel.
Welnu, een geladen vast deeltje in een vloeistof (eventueel een eiwit) krijgt onder invloed van een electrisch veld in die vloeistof, een eenparige snelheid v die beschreven kan worden met de viscositeitswet van Stokes.
Echter, dit deeltje is omgeven door een vloeistof die tegengesteld geladen is en onder invloed van dit electrische veld in tegengestelde richting gaat bewegen. Dit samen leidt tot de bewegingsvergelijking van Helmholtz-Smoluchowski die je elders op internet kunt vinden.
Belangrijk hierbij is dat die eenparige beweging niet evenredig is met de lading van het deeltje maar met de wandpotentiaal. Die noemen we daarom ook de electrokinetische potentiaal. In de formules aangegeven als zeta of ksi (griekse letters)
Het woord electrokinetisch heeft dus betrekking op de onderling beweging van vaste wand en een vloeistof (lees: water). Er is hier geen sprake van een (electrochemische) reactiekinetiek en en het het hoort daardoor ook eigenlijk thuis bij de klassieke natuurkunde. H. Zeilmaker
Welnu, een geladen vast deeltje in een vloeistof (eventueel een eiwit) krijgt onder invloed van een electrisch veld in die vloeistof, een eenparige snelheid v die beschreven kan worden met de viscositeitswet van Stokes.
Echter, dit deeltje is omgeven door een vloeistof die tegengesteld geladen is en onder invloed van dit electrische veld in tegengestelde richting gaat bewegen. Dit samen leidt tot de bewegingsvergelijking van Helmholtz-Smoluchowski die je elders op internet kunt vinden.
Belangrijk hierbij is dat die eenparige beweging niet evenredig is met de lading van het deeltje maar met de wandpotentiaal. Die noemen we daarom ook de electrokinetische potentiaal. In de formules aangegeven als zeta of ksi (griekse letters)
Het woord electrokinetisch heeft dus betrekking op de onderling beweging van vaste wand en een vloeistof (lees: water). Er is hier geen sprake van een (electrochemische) reactiekinetiek en en het het hoort daardoor ook eigenlijk thuis bij de klassieke natuurkunde. H. Zeilmaker
Uitleggen is beter dan verwijzen naar een website
