FASTA (bio informatica)

Moderator: ArcherBarry

Reageer
Gebruikersavatar
Berichten: 252

FASTA (bio informatica)

Hallo,
 
Een FASTA werkt in een aantal stappen, die ik niet zo goed begrijp, zoals deze
 
"Extend these segments to include similar residues, use the appropriate matrix"

Gebruikersavatar
Berichten: 7.390

Re: FASTA (bio informatica)

Je kan een substitutie of scoring matrix gebruiken, dat is wat er bedoeld wordt meet 'use the appropiate matrix'. Verder is FASTA bedoeld om globale sequenties te gaan vergelijken (let op performantie hierbij!)n eb wat er bedoel is met extend these sequences verwijst volgens mij naar:
 
these: van de gevonden identieke k-tuples.
 
Je vertrekt dus van de overeenkomstige k-tuples, en je begint dan uit te breiden, om ook de residues te incorporeren.
 
Dus aligneren, en verder kijken langs de sequentie.
"C++ : Where friends have access to your private members." Gavin Russell Baker.

Reageer