Als opdracht heb ik meegekregen om in het programma Swiss-PdbViewer enkele eiwitten te tekenen, namelijk GFP, CFP, YFP en RFP. Het is in dit programma ook mogelijk om de eiwitten een kleur mee te geven, want dit zijn allemaal fluorescerende eiwitten. Hoe weet ik welk deel van de structuur verantwoordelijk is voor de betreffende kleur (oftewel, wat is het chromofoor)? Is dat de helix, een sheet of de zijgroep?
En het moet ook mogelijk zijn om alleen de structuur van het chormofoor zichtbaar te maken en de rest als 'ribbon' te laten zien. Weet iemand hoe dat werkt?
Laatste berichten
-
15:28
Vraag 2009 Juli Vraag 5 5
-
12:51
positie 2
-
10:44
Schroefdraad berekening 8
-
00:15
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
21:15
Weerfrustratie 9
-
23 apr
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 15
-
23 apr
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 7
-
23 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
-
23 apr
De Euro Nederlandse 100 qubit computer komt eraan
-
23 apr
projectiel 8
-
23 apr
Verschil tussen deze 2 vragen 5
-
23 apr
[scheikunde] berekeningen labo vitamine c bepaling 1
-
22 apr
[wiskunde] rode en witte ballen verdelen 8
-
22 apr
Rotatie van het heelal 41
-
22 apr
Muntje opgooien 14
-
21 apr
Reactiviteit silyl enol ethers 1
-
21 apr
Criterium voor vochtretentie
-
21 apr
speciale rel. theorie 5
-
21 apr
Vogels in de stad zijn goede klussers
-
21 apr
Ervaringen met "herontdekkingen" 15
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
[scheikunde] Swiss-PdbViewer eiwitten kleuren
Moderators: ArcherBarry, Fuzzwood
-
- Berichten: 3.963
Re: Swiss-PdbViewer eiwitten kleuren
Met Swiss-PdbViewer heb ik geen ervaring (ik gebruik altijd PyMol), maar op de website van Swiss-PdbViewer hebben ze een redelijk uitgebreide user guide & tutorial. Misschien kan je daar iets terugvinden? Kleuren moet je blijkbaar doen via het control panel door waarschijnlijk vooraf eerst de gewenste aminozuren te selecteren.
In het geval van GFP zijn slechts 3 aminozuren verantwoordelijk voor de fluorescentie, namelijk S65,Y66,G67.
Dat weet je niet en dat kan je niet zomaar op het zicht zien. Zoiets wordt onderzocht via random mutagenese en door vervolgens te screenen welke (getransformeerde) bacterie niet langer fluorescent is. In praktijk is het dus een kwestie van in de literatuur te kijken.JelmerMVL schreef:Hoe weet ik welk deel van de structuur verantwoordelijk is voor de betreffende kleur (oftewel, wat is het chromofoor)? Is dat de helix, een sheet of de zijgroep?
In het geval van GFP zijn slechts 3 aminozuren verantwoordelijk voor de fluorescentie, namelijk S65,Y66,G67.
Geen idee.En het moet ook mogelijk zijn om alleen de structuur van het chormofoor zichtbaar te maken en de rest als 'ribbon' te laten zien. Weet iemand hoe dat werkt?
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
-
- Berichten: 467
Re: Swiss-PdbViewer eiwitten kleuren
Ik heb op internet nu ook gevonden dat drie aminozuren het chromofoor vormen. Het is me echter nog niet duidelijk hoe ik deze in het control panel kan selecteren. Dit is namelijk wat ik te zien krijg. De nummers 65, 66 en 67 komen niet achter elkaar voor.
- Control Panel.PNG (20.95 KiB) 523 keer bekeken
-
- Berichten: 3.963
Re: Swiss-PdbViewer eiwitten kleuren
Ik heb het even vlug geïnstalleerd en ik kan er eerlijk gezegd ook niet goed mee overweg.
Selecteren kan ik door op de aminozuren te klikken in het control panel. Meerdere opeenvolgende kan ik selecteren door met de muis te slepen of door shift te gebruiken. Met CTRL kan ik afzonderlijke aminozuren selecteren.
Ik zag dat je de structuur van een mutant GFP gebruikt (PDB: 1EMC) en daar worden de aminozuren inderdaad niet in de juiste volgorde weergegeven. Waarschijnlijk is die instelling mee opgeslagen wanneer de auteurs hun structuur publiceerden in de PDB. Ik weet niet hoe je via het control panel kan sorteren op aminozuurnummer.
Als je echter PDB: 1GFL opvraagt staat alles wel in de juiste volgorde.
Selecteren kan ik door op de aminozuren te klikken in het control panel. Meerdere opeenvolgende kan ik selecteren door met de muis te slepen of door shift te gebruiken. Met CTRL kan ik afzonderlijke aminozuren selecteren.
Verborgen inhoud
.Ik zag dat je de structuur van een mutant GFP gebruikt (PDB: 1EMC) en daar worden de aminozuren inderdaad niet in de juiste volgorde weergegeven. Waarschijnlijk is die instelling mee opgeslagen wanneer de auteurs hun structuur publiceerden in de PDB. Ik weet niet hoe je via het control panel kan sorteren op aminozuurnummer.
Als je echter PDB: 1GFL opvraagt staat alles wel in de juiste volgorde.
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
-
- Berichten: 467
Re: Swiss-PdbViewer eiwitten kleuren
Voor het computerpracticum dat ik moet doen, werd gezegd dat ik de 1EMC moet gebruiken. Maakt het eigenlijk uit als ik toch kies voor 1GFL? Bij het openen van het PDB-bestand van 1EMC krijg ik tevens een rare melding. Misschien dat dit niet gebeurt als ik de 1GFL gebruik.
- Foutmelding.PNG (8.35 KiB) 523 keer bekeken
-
- Berichten: 3.963
Re: Swiss-PdbViewer eiwitten kleuren
Die melding kreeg ik ook.
Een ander PDB nummer = een andere structuur, dus er zal wel een reden zijn dat je 1EMC moet gebruiken.
Kan je anders eens de volledige opdracht posten? Wat is precies de bedoeling?
Een ander PDB nummer = een andere structuur, dus er zal wel een reden zijn dat je 1EMC moet gebruiken.
Kan je anders eens de volledige opdracht posten? Wat is precies de bedoeling?
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
-
- Berichten: 467
Re: Swiss-PdbViewer eiwitten kleuren
De opdracht luidt als volgt:
Maak plaatjes van de structuren van de vier eiwitten die we tijdens het practicum gebruiken: GFP, CFP, YFP en RFP. Laat in de plaatjes zien in welk opzicht deze eiwitten verschillen. Waarom is de één geel en de ander groen? Voeg de vier of meer plaatjes die je hebt gemaakt toe aan de inleiding van je verlag.
Eigenlijk is mijn enige probleem dus dat het ik niet weet hoe ik het chromofoor kan vinden. Ik wil namelijk een plaatje maken waarin ik het chromofoor de betreffende kleur kan geven.
Maak plaatjes van de structuren van de vier eiwitten die we tijdens het practicum gebruiken: GFP, CFP, YFP en RFP. Laat in de plaatjes zien in welk opzicht deze eiwitten verschillen. Waarom is de één geel en de ander groen? Voeg de vier of meer plaatjes die je hebt gemaakt toe aan de inleiding van je verlag.
Eigenlijk is mijn enige probleem dus dat het ik niet weet hoe ik het chromofoor kan vinden. Ik wil namelijk een plaatje maken waarin ik het chromofoor de betreffende kleur kan geven.
-
- Berichten: 3.963
Re: Swiss-PdbViewer eiwitten kleuren
Tja, het punt is dat ze niet veel van elkaar verschillen. Zeker structureel niet. Als je naar de aminozuursequentie gaat kijken zijn GFP en YFP voor >95% identiek. Je zou dus kunnen veronderstellen dat de beperkte wijziging in sequentie verantwoordelijk zijn voor de kleurverandering, maar eigenlijk moet je dit na checken in de literatuur. Bij GFP waren we het eens dat Ser, Tyr en Gly verantwoordelijk waren voor de groene fluorescentie, als je bij YFP naar dezelfde posities gaat kijken zie je daar Thr, Trp en Gly staan. Een opmerkelijk verschil, dat de kleur zou kunnen verklaren... Maar opnieuw, dit is een veronderstelling.JelmerMVL schreef:Laat in de plaatjes zien in welk opzicht deze eiwitten verschillen.
Een indicatie van wat de gelijkenis is tussen twee eiwitten op basis van hun aminozuursequentie kan je krijgen via een protein alignment (bijv. pBLAST of ClustalW). Heb je daar al van gehoord?
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
-
- Berichten: 467
Re: Swiss-PdbViewer eiwitten kleuren
Het is uiteindelijk met uw hulp en de hulp van mijn docent gelukt om het chromofoor te vinden.
In post 3 staat een afbeelding van het control panel. Het is natuurlijk zo dat de aminozuren die op plek 65, 66 en 67 zitten en het chromofoor vormen niet meer zichtbaar zijn. Door de interactie met elkaar geeft het eiwit kleur. Daarom is het de bedoeling om alleen 'CSY 66' aan te klikken.
Heel erg bedankt voor de moeite!
In post 3 staat een afbeelding van het control panel. Het is natuurlijk zo dat de aminozuren die op plek 65, 66 en 67 zitten en het chromofoor vormen niet meer zichtbaar zijn. Door de interactie met elkaar geeft het eiwit kleur. Daarom is het de bedoeling om alleen 'CSY 66' aan te klikken.
Heel erg bedankt voor de moeite!
