Vraag RNAi

Moderator: ArcherBarry

Reageer

Bericht 04-06-'16, 18:43

_Vinck_

Berichten: 29

Vraag RNAi

Een ziekte met CAG expansie kan men met behulp van RNAi onderdrukken.
Hoe noemen de oligo’s die hierbij gebruikt worden?
Kan onderdrukking van het zieke allel ook het normale allel onderdrukken?
Hoe kan men het zieke allel onderdrukken zonder deze van het normale te onderdrukken?
 
Graag had ik van iemand met enige kennis van gentechnologie een duidelijk antwoord op deze vraag gekregen indien mogelijk.
 
Alvast bedankt!
 
Groetjes,
Thomas
 

Opmerking moderator

dik gedrukte letters verwijderd
Omhoog

Bericht 07-06-'16, 14:59

Jaffaa

Berichten: 83

Re: Vraag RNAi

Als ik je vraag goed begrijp wil je iets weten over de RNAi technologie?!
 
wat je hier doet is een molecuul ontwerpen (oligo of siRNAmolecuul) die het mRNA inhibit door er aan te binden. Je weet (hoop ik) dat in het centrale dogma beschreven word dat we van een DNA molecuul (gen) naar mRNA gaan en dit vervolgens word omgezet in een eiwit. De RNAi technologie werkt zo dat er complementaire RNAi moleculen zijn die binden aan het mRNA molecuul en zorgen ervoor dat dit dan afgebroken word, of tijdelijk word 'gesilenced' (deze processen zijn in cellen aanwezig), maar wat men zelf kan doen is, mits je de sequentie weet van je 'zieke' mRNA molecuul, siRNA moleculen designen die dit 'zieke' mRNA kunnen binden en daarna afbreken of silencen. 
 
kunnen deze siRNA moleculen ook de 'gezonde' genen onderdrukken? dat licht eraan hoe goed je designed, en uiteraard wat het verschil precies is tussen je 'zieke' en 'goede' genen, met zo'n insertie van een extra CAG trilnucleotide in veel repeats in het gen kan ik me voorstellen dat er wel een kans is op aspecifieke binding. Maar dit weet ik niet helemaal zeker, zou je eventueel nog wel op wikipedia of een andere site op kunnen zoeken. 
Omhoog

Bericht 07-06-'16, 18:42

_Vinck_

Berichten: 29

Re: Vraag RNAi

Alvast bedankt voor de uitgebreide reactie, een deel ervan wist ik zelf ook al. Nu is het alleen nog specifiek zoeken hoe men aspecifieke bindingen kan voorkomen!
Omhoog

Bericht 07-06-'16, 20:34

Themisto

Gebruikersavatar
Berichten: 87

Re: Vraag RNAi

Is dit een huiswerk vraag?
Omhoog

Bericht 07-06-'16, 22:35

_Vinck_

Berichten: 29

Re: Vraag RNAi

Dit is een voorbeeldvraag voor een universitair examen (medische gentechnologie) ;)
Omhoog

Bericht 11-06-'16, 18:36

Jaffaa

Berichten: 83

Re: Vraag RNAi

In je voorbeeld met CAG expansie is dit een mutatie die ervoor zorgt dat er een extra CAG repeat in je DNA zit..volgens mij is het dan dat bv 'normaal' er 3 repeats zijn en er bij een ziek persoon 4 zijn ( ik weet de exacte nummer niet maar even een voorbeeld).. Je moet dan dus een siRNA molecuul ontwerpen tegen die 4 repeats, met repeats is het veel lastiger dan wanneer je 2 totaal verschillende sequenties hebt, lijkt mij....
Omhoog

Bericht 23-06-'16, 23:30

Wouter_Masselink

Gebruikersavatar
Berichten: 8.557

Re: Vraag RNAi

Je dient je RNAi zodoende te ontwerpen dat je het gehele CAG repeat van het mutante allel raakt met voldoende overlap aan beide kanten van de CAG repeat. Je kan dan ook nog een hairpin structuur in kunnen bouwen zodat wanneer je RNAi geen mutant allel kan binden het aan zichzelf zal binden (zelfde principe van molecular beacons). Je moet je dus afvragen wat de energetisch meest gunstige conformatie is.
"Meep meep meep." Beaker
Omhoog

Bericht 24-06-'16, 15:20

_Vinck_

Berichten: 29

Re: Vraag RNAi

Super bedankt Wouter! Dat maakt al heel veel duidelijk.
Omhoog
Reageer

Terug naar “Moleculaire biologie en biochemie”