RNAsequencing

mrlngtng

Hallo,

Ik begrijp een aantal termen niet ivm RNAseq. Bv:

" 10M clean reads by single end"
" 50bp (SE50) sequencing"

En stel nu dat je je RNA gesequenced hebt, dan krijg je dit terug in FASTQ format.
Maar wat doe je dan? Bv. als je wil weten welke RNAs aanwezig zijn?

Alvast bedankt voor de uitleg

Wouter_Masselink

'10M clean reads by single end'
Je hebt 10 miljoen reads door middel van single end sequencing.

'50 bp (SE50) sequencing'
De manier waarop de sequencing is gedaan, specifiek de chemistry die is gebruikt. 'SE' staat hier voor single end.

Er is veel online geschreven over RNAseq. Je zal je reads moeten mappen naar een referentie genoom. Aan de hand hiervan kan je uiteindelijk de relatieve expressie niveaus bepalen.

Wetenschapsforum

Laatste berichten

Nieuwsberichten

RNAsequencing

RNAsequencing

Re: RNAsequencing