Biotechnologie: toxicogenomics,RIA,ELISA, micro-arrays....

Zou iemand mij misschien wat uitleg willen verschaffen bij volgende begrippen, of bestaat er een site waar biotechnologie in begrijpelijke taal wordt uitgelegd?


Toxicogenomics: als ik het goed heb is dit het bestuderen van effecten van chemische (toxische) stoffen op de genexpressie?
dit zou gebeuren aan de hand van micro-arrays: hoe werkt dit dan wel?

Wat is cDNA array screening?

RIA: Radio Immuno Assay
ELISA: enzyme linked immuno sorbent assay
-> ik heb begrepen dat deze technieken dienen om een bepaald antigen te 'doseren', enerzijds door te werken met radioactief gemerkt antigen & anderzijds met enzyme gemerkt antigen : hoe gaat dit juist in zn werk?

Heeft er iemand al gehoord van Rat uterotrofe assay, selfedge pathway, goat-antirabbit ??


Alvast bedankt voor reacties!

Je stelt nogal wat vragen. Da's een hoop werk om allemaal (geschreven) uit te leggen..
Probeer het eerst eens met google. Als je google't op ELISA, is de eerste hit al bruikbaar.
Ook is het me niet duidelijk op welk niveau je uitleg wilt hebben, maar ik neem aan dat het je niet om de details gaat?

Probeer het eerst eens zelf. Als je dan met gerichtere vragen blijft zitten, helpen we je graag verder

Okee, na wat gegoogel: (willen jullie even checken of het klopt)
Toxicogenomics= door middel van een cDNA array screening kijken welke eiwitten tot expressie gebracht worden bij
1) een normaal dier
2) een dier blootgesteld aan toxische stoffen
Dit zou als volgt werken(?): men giet over het plaatje met genenspots een hoeveelheid mRNA omgezet in cDNA uit cellen van 1) en 2) , waarvan men op voorhand bepaald heeft voor welk eiwit ze coderen. Het cDNA merkt men met verschillende kleuren. Dit cDNA gaat binden aan complementaire stukjes van de genen en zo tot expressie gebracht worden. Aan de hand van de zichtbare kleuren kan men dan zien welke eiwitten gemaakt werden in 1) en 2)?

ELISA zou als volgt werken?: over een bodem eiwitten gaat men antilichamen gemerkt met enzymes uitzaaien, deze antilichamen gaan binden aan de eiwitten (waarom??) en het enzyme geeft hierbij een kleur vrij. Zo kan men dan zien hoeveel eiwitten de bodem bevatte?

Nog steeds niet gevonden wat RIA, micro-arrays, selfedge pathway, goat-antirabbit en rat uterotrofe assay dan wel betekenen

ELISA:
- je bedekt een plaatje met monoclonale antilichamen (tegen je te onderzoeken antigeen). Dat bindt dus de eiwitten waar hij specifiek tegen is.. Dat is de hele functie van antilichamen (Ab): ze binden aan 'hun' antigeen (Ag).
- je doet je te onderzoeken sample (Ag) erbij, dat bindt aan je Ab
- je laat er een tweede antilichaam overheen lopen dat bindt aan je eerste antilichaam met zijn antigeen. Het verschil is dat aan de tweede iets zit om hem zichtbaar te maken (een label); de eerste is gewoon een Ab.
- Nu doe je een reagens bij je assay en alle Ab's die gebonden zijn en een label hebben, kan je zichtbaar maken. Bijvoorbeeld door een enzym aan je 2e Ab te hangen, dat een substraat omzet dat een kleurtje krijgt na de reactie. Dan kan je fotometrisch controleren of er iets heeft gereageerd en hoeveel dan precies.

http://www.biosystem...phics/elisa.jpg
---
RIA is de voorloper hiervan. RIA: radio immuno assay.
Bij een radio-immuno-assay wordt gebruik gemaakt van radioactief gelabelde antigenen of antilichamen.

---
Microarray kan je zelf, denk ik:
http://en.wikipedia..../DNA_microarray
Als je de achtergrondkennis niet hebt, is het lastig uitleggen. Kom je heelhuids langs mRNA, reverse transcriptase, ssDNA en dsDNA.. dat soort termen?
In het kort gaat het over genexpressie.

Goat-antirabbit gebruik je onder andere bij ELISA's.
Het is een Geiten antilichaam dat gericht is tegen konijnen antilichamen.
Meestal is dit antilichaam gelabeld zodat je dit antilichaam zichtbaar kan maken met het reagens dat Mrtn beschreef.
Het ziet er dan als volgt uit:
Ab = Anti body en tussen haakjes staat uit welk dier dit antilichaam afkomstig is.

Ab1 (muis) --- Eiwit ---- Ab2(konijn) ---- Ab3 (Geit anti konijn) met label.

Als je Ab2 gelabeld is zoals Mrtn beschreef dan is je Ab3 natuurlijk niet meer nodig.

Dus als ik het goed begrijp is het nut van ELISA uit te maken welke antigenen aanwezig zijn in een bepaalde staal. (vermits je weet welke antilichamen met welk antigen gaan binden)
In wat voor toepassingen wordt ELISA dan gebruikt (een voorbeeld)?

RIA snap ik nu, bedankt :wink:

En uit wikipedia kan ik opmaken dat een micro-array een plaatje vol genenspots is, en dat je kan onderzoeken welke genen tot expressie gebracht worden door er een hoop complementair cDNA over te gieten. Dit complementaire dna zou dan binden met het dna van de genenspots & op die manier worden genen aangezet tot expressie ?
Dus eigenlijk wordt dit gebruikt bij toxicogenomics.... ?

Het is een Geiten antilichaam dat gericht is tegen konijnen antilichamen.  
Meestal is dit antilichaam gelabeld zodat je dit antilichaam zichtbaar kan maken met het reagens dat Mrtn beschreef.

Dus je kan door een goat-antirabbit ergens aan toe te voegen bepalen hoeveel konijnen antilichamen aanwezig zijn? Of heb ik dit helemaal mis


Als laatste misschien een ontzettend domme vraag, maar:
zijn antilichamen eiwitten?

Antilichamen zijn inderdaad eiwitten.

Het nut van een ELISA is niet om te kijken wat er in een monster zit, maar hoeveel van iets erin zit.
Met een ELISA test je 1 stof, aan de hand van een ijklijn die je gelijktijdig met je monster inzet kun je bepalen hoeveel van dat eiwit er in je monster zit.

Voorbeeld:
Je wilt weten hoeveel iemand van een bepaald eiwit in zijn bloed heeft zitten.
Je doet dan een ELISA tegen dit eiwit en vergelijkt het monster met een ijklijn en controles. Dan weet je meteen of dit bloed monster teveel, te weinig of genoeg van dit eiwit heeft.

bedankt :wink:
maar hoe zit het nou precies met goat-antirabbit....

En uit wikipedia kan ik opmaken dat een micro-array een plaatje vol genenspots is,

Ja dat klopt, al hoeft het niet perse genen te zijn, het zijn gewoon stukkies DNA op een glasplaatje geplakt, heel grof gezegd. Welke basenvolgorde, welke stukjes DNA, welke stukjes gen, dat kan je zelf uitmaken.

en dat je kan onderzoeken welke genen tot expressie gebracht worden door er een hoop complementair cDNA over te gieten. Dit complementaire dna zou dan binden met het dna van de genenspots

Nou "een hoop" complementair DNA heb je niet nodig hoor, een ug DNA voor een hele array is meer dan genoeg. Dit DNA is bijvoorbeeld gehaald uit cellen van een bepaald type, en alleen stukken die complementair zijn met de stukken op de array binden, en geven zo een (fluorescent) signaal, voor DNA spots op de array waarvan de bindende sequentie niet in het monster voorkomt, krijg je dus geen signaal, dit zegt dus over welke stukken DNA in je monster voorkomen, en wat dat betekend heeft helemaal te maken met je proef, dit kan genexpressie zijn, maar je kan ook mutaties onderzoeken, of ziektebeelden.

& op die manier worden genen aangezet tot expressie ?

Nee, de array doet zelf niks met het DNA, het kijkt alleen wat er bindt en wat niet. Je kunt op deze manier wel de genexpressie bekijken.

maar hoe zit het nou precies met goat-antirabbit.... Dus je kan door een goat-antirabbit ergens aan toe te voegen bepalen hoeveel konijnen antilichamen aanwezig zijn? Of heb ik dit helemaal mis

Goat-antirabbit is een geitenantilichaam tegen een konijnenantilichaam, zoals dalton al zei, in proeven gebruik je eerst een antilichaam van een konijn tegen een bepaald eiwit, dan spoel je het ongebonden konijneneiwit weg, dan kijk je met een goat-anti-rabbit antilichaam hoeveel konijneneiwit er door je konijnenantilichaam is gebonden, (omdat het GaR fluorescent is, en het rabbit anti eiwit niet.)

Goat-antirabbit is een geitenantilichaam tegen een konijnenantilichaam, zoals dalton al zei, in proeven gebruik je eerst een antilichaam van een konijn tegen een bepaald eiwit, dan spoel je het ongebonden konijneneiwit weg, dan kijk je met een goat-anti-rabbit antilichaam hoeveel konijneneiwit er door je konijnenantilichaam is gebonden, (omdat het GaR fluorescent is, en het rabbit anti eiwit niet.)

Dus je bedoelt dat het GaR gaat binden op konijneneiwitten die nog niét gebonden zijn aan konijnenantilichamen?
Of gaat het net binden op zo'n complex konijneiwit-konijnantilichaam?

GaR bindt aan het Rabbit antilichaam, dat op zijn beurt (in dit geval en in de meeste toepassingen) gebonden is aan het rabbiteiwit. Je toont dus eigenlijk het complex aan ja (en dus indirect het eiwit), maar het bindt het antilichaam. Uiteraard bindt het Goat-anti-rabbit antilichaam ook aan "losse" rabbit-antilichamen, maar ik gaf je even een toepassing waar het meestal voor wordt gebruikt

ps: je hebt natuurlijk ook goat-anti-mouse, mouse-anti-rabbit, donkey-anti-rabbit, horse-anti-mouse, etc, dus je kunt op deze manier leuk combineren en je complex steeds specifieker maken.