Springen naar inhoud

[folding] folding@home inleiding en faq


  • Log in om te kunnen reageren

#16

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:15

2e. Vouwt mijn computer snel of langzaam?
Als je snelheden wil vergelijken denk ik dat je het zó moet doen:
LaTeX

Voorbeeld: AMD sampron 2200+, 1,51 GHz 448 MB RAM met WU p1862 myosin 6:
LaTeX
Dezelfde computer draaide andere WU's ook wel rond de 900 seconden/punt, en meestal zit 'ie ergens rond de 1000-1100.
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#17

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:17

2f. Ik had een WU waarbij ik rond de 5000/20000 zat en toen schoot 'ie opeens terug naar 0/20000. :D Waarom?
4 mogelijkheden:
1) Je keek vlak na de heropstart van je computer. Het duurt even voordat de boel weer normaal draait en alle tellers weer op de goede stand staan.
2) Het is een testeiwit. hij is nu terug naar "de baas" en je ontvangt punten navenant je rekentijd.
Zie je binnenkort (enkele uren na de gebeurtenis) geen extra punten op je lijst verschijnen, dan........:
3) Is de WU waarschijnlijk OK, maar je computer heeft zich verslikt. No points, en in de gaten houden of hij niet rond de 5000 frames dezelfde stunt uithaalt, want dan.......:
4) Is er wél iets mis met de WU. Blijf dan niet sukkelen, maar verwijder via Windows Verkenner de map Folding inclusief werkmap van je computer (standaard vind je die terug onder C:\Program Files) en installeer Folding even opnieuw. Je krijgt dan gelijk een ander WU mee.
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#18

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:18

2g. Mijn display zegt dat het nog jaren gaat duren voordat het eiwit klaar zal zijn? :D
Waarschijnlijk keek je vlak na het opstarten, of vlak na het afsluiten van andere zware toepassingen. De timer heeft dan gewoon onvoldoende of onvoldoende recente gegevens en rekent met foutief geschatte waardes.
Hieronder een voorbeeld van een pas gestart eiwit:
Geplaatste afbeelding
om een of andere reden wordt er nog 636 minuten per frame "geschat". Dat is fout, maar die fout werkt door. 20 000 frames maal 636 minuten is ruim 24 JAAR. en inderdaad, als einddatum wordt februari 2031 uitgerekend... :( ... (gekker nog, bovendien tot op de seconde "nauwkeurig")
Als er eenmaal een paar frames zijn afgewerkt sinds de start of sinds het verlaten van andere zware toepassingen krijgt de timer wél betrouwbare gegevens, en wordt er redelijk netjes gerekend.
NB, de tekst bij "WU-end" zou moeten luiden:
verwachte einddatum indien de computer vanaf heden 24 op 24 in het huidige tempo kan blijven doorwerken
Dus lees de timer-gegevens altijd met het nodige nadenken. De timer is geen kristallen bol.

Veranderd door Jan van de Velde, 02 januari 2008 - 22:18

Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#19

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:23

2h. Ik heb het idee dat mijn computer tijdens dezelfde WU soms veel trager vouwt dan anders...
Of dat inderdaad zo is kun je checken in je logs:
1: open je verkenner
2: open fahlog-prev.txt (als je standaard hebt geďnstalleerd in de map C:\Program Files\Folding )
Na steeds 1 % van je WU afgewerkt te hebben schrijft Folding dat in dat logboek, met de tijd erbij:
[08:54:56] Completed 8500000 out of 50000000 steps  (17) 
[11:44:52] Writing local files 
[11:44:52] Completed 9000000 out of 50000000 steps  (18) 
[14:41:19] Writing local files 
[14:41:20] Completed 9500000 out of 50000000 steps  (19)
Hierboven lees je dat er steeds ongeveer 3 uur gewerkt is voor 1 % van die WU.
Mogelijke redenen voor verschillen:
1) Soms zitten er inderdaad wat tragere of snellere stukjes in een WU.
2) Soms zal je computer naast Folding een tijdje zwaardere toepassingen hebben gedraaid. Folding heeft dan minder kloktikken ter beschikking en zal dus trager draaien
3) Folding is na de vorige sessie niet goed afgesloten. Dat is niet noodzakelijk jouw schuld.
We weten zo zoetjes aan wel dat de folding-software niet perfect is.
Blader eens door die logs. Iedere keer dat Folding start schrijft hij zoiets in dat logboek:

--- Opening Log file [December 24 16:14:15]

# Windows Graphical Edition ###################################################
Folding@Home Client Version 5.03
http://folding.stanford.edu
###################################################

Launch directory: C:\Program Files\Folding@Home

[16:14:15] - Ask before connecting: No
[16:14:15] - User name: Jan_van_de_Velde (Team 48658)
[16:14:15] - User ID: B876EB215A509B0
[16:14:15] - Machine ID: 1
[16:14:15]
[16:14:15] Loaded queue successfully.
[16:14:15] Initialization complete
[16:14:15] + Benchmarking ...
[16:14:18]
[16:14:18] + Processing work unit
[16:14:18] Core required: FahCore_78.exe
[16:14:18] Core found.
[16:14:18] Working on Unit 00 [December 24 16:14:18]
[16:14:18] + Working ...
[16:14:27] + Working...
[16:14:32]
[16:14:32] *------------------------------*
[16:14:32] Folding@Home Gromacs Core
[16:14:32] Version 1.90 (March 8, 2006)
[16:14:32]
[16:14:32] Preparing to commence simulation
[16:14:32] - Looking at optimizations...
[16:14:32] - Files status OK

[16:14:32] - Expanded 41411 -> 235757 (decompressed 569.3 percent)
[16:14:32]
[16:14:32] Project: 2126 (Run 67, Clone 16, Gen 13)
[16:14:32]

Let op dat vette gedeelte. Check zo eens een aantal van die starts. Als je daar op de plaats van dat vette stukje ook meer dan eens dit tegenkomt:

[21:04:22] Preparing to commence simulation
[21:04:22] - Ensuring status. Please wait.
[21:04:39] - Looking at optimizations...
[21:04:39] - Working with standard loops on this execution.
[21:04:39] - Previous termination of core was improper.
[21:04:39] - Files status OK

Dan gaat Folding de rest van de tijd dat je computer draait trager vouwen dan gewoonlijk. Vanwege een zg. "improper termination" gaat hij draaien met "standard loops", en dat gaat trager. Dat gaat de hele sessie zo door.
  • Gromacs heeft dit schijnbaar vaker dan andere vouwprogramma's (tinker, amber etc),
  • sommige machines zullen dit vaker hebben dan andere,
  • voor sommige WU's is het verschil tussen draaien met standaard loops of met optimaliseringen héél groot: Op mijn computer draaide p2126 2 uur en 50 minuten voor 1% van de WU na een improper termination. Na een goeie afsluiting voor hetzelfde aantal stappen minder dan 1 uur en 20 minuten! Meestal zal het verschil kleiner zijn.
Je hebt zelf waarschijnlijk niks misdaan, gewoon op de normale manier je computer afgesloten de vorige keer. Op de een of andere manier is het echter de afsluitprocedure niet gelukt om Folding netjes af te sluiten.
KOM JE DIT REGELMATIG TEGEN IN JE LOGS, SLUIT DAN IN HET VERVOLG FOLDING AF VIA:
1: Rechtsklik op het F@H-icoontje in taakbalk
2: Kies "Quit"
3: Sluit dan pas je computer af.
Standaard 2 extra klikjes voordat je je computer afsluit en je zult dus gemiddeld rapper vouwen.
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#20

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:28

2i. Sommige programma's werken niet meer/niet lekker meer
De software van Folding@Home neemt alle CPU (=processor)-capaciteit in beslag tot een bepaald maximuspercentage (standaard 100%). Dit betekent dat als jij je CPU slechts voor 10% gebruikt, F@H 90% van je CPU-capaciteit gebruikt voor het analyseren van het vouwproces. Dit kan dus bijvoorbeeld als jij alleen maar Windows en MSN actief hebt. Stel nu dat je ineens een zware toepassing opent, hoort F@H hierop te reageren door zichzelf terug te zetten. Dit gebeurt echter met een kleine vertraging. Het kan dus gebeuren dat alle programma's tesamen 150% CPU-capaciteit vragen. Dit kan natuurlijk niet, dus ontstaat er een "file" voor de CPU. Dit levert vertraging op, net als dat je zelf in de file zou staan.
Dit gebeurt niet alleen als je het programma opstart. Je programma's vragen niet een constante capaciteit van de CPU, dus F@H blijft steeds aanpassen. Dit met als resultaat dat zowel F@H als je andere programma slecht functioneren.

De beste optie is daarom om op zulke momenten F@H te pauzeren. Dit doet je door met de rechter muisknop op het icoontje in de taakbalk te klikken en te kiezen voor "Pause work". En natuurlijk niet vergeten om na het gamen, fotobewerken oid weer het werk te laten hervatten.

Dan zijn er ook nog programma's die totaal niet functioneren als je F@H open hebt staan. Hoe dit precies komt weten we (nog) niet, maar we denken dat dit komt doordat er verschillende grafische instellingen zijn. In sommige gevallen helpt het om "No-nonsense text-only" console te installeren. In de andere gevallen zit er niets anders op dan F@H even af te sluiten terwijl je dat andere programma open hebt staan.
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#21

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:30

2j. Kan ik mijn reeds gevouwen frames opslaan zodat ik systeemherstel kan uitvoeren, formatteren, ...?
Wanneer je reeds gevouwen frames wil opslaan zodat je zonder problemen een systeemherstel kan uitvoeren of je besturingssyteem opnieuw kan installeren moet je de volgende werkwijze toepassen:

- Sluit de F@H client op de correcte wijze af (rechts op het icoon klikken --> Quit)
- Kopieer de volledige map Folding@Home naar een opslagmedium (Folding@Home zit normaal onder Program Files)
- Wanneer je verder wil gaan met vouwen kopieer de de map Folding@Home terug naar Program Files
- Als alles op de correcte wijze gebeurt is gaat F@H met vouwen vanaf zijn laatste checkpoint
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#22

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:37

3. Interessante achtergrondvragen


3a. Wat vouwen we eigenlijk, en waarom?
We vouwen eiwitten. Eiwitten zijn de bouwstoffen van het leven. Eiwitten zijn er in allerlei soorten en maten. Voordat ze kunnen doen waar dat ene stukje eiwit voor bedoeld is, moet het zich eerst op de juiste manier samenstellen. Dit zeer complexe proces wordt vouwen genoemd. En hoewel dit proces van eiwitten vouwen de hoeksteen is van het leven, is het nog een zeer groot mysterie. En helaas gaat het ook af en toe mis, wat zéér ernstige gevolgen heeft. Zo kunnen door het verkeerd vouwen van eiwitten ziektes ontstaan zoals Alzheimer, Gekken koeien ziekte (BSE), Parkinson, kanker en nog vele anderen enge ziektes die je niemand toewenst.
Wat we met Folding@home doen is het vouwen, misvouwen, samenvoegen en aanverwante ziektes bestuderen. Dit gebeurt door het samenvoegen van heel veel computers tot één supercomputer met gigantisch veel processors. Hiermee kunnen enorme tijdperiodes gesimuleerd worden waardoor de aan vouwen gerelateerde ziektes onderzocht kunnen worden. En als we het proces begrijpen, dan kunnen we onderzoek gaan verrichten om het te voorkomen! Dus wie weet berekent jouw computer wel net dat eiwitje waardoor je later geen kanker meer krijgt. In ieder geval doe je een nuttige bijdrage aan de samenleving! :(
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#23

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:41

3b. Wat is een WU eigenlijk?
Omdat het hele project op vele verschillende computers wordt uitgevoerd, is het opgedeeld in zogenoemde WorkUnits (werkdelen). Zo'n WorkUnit (WU) bestaat uit een pakketje bestanden die op jouw computer wordt geanalyseerd. Het wordt opgeslagen in de werkdirectory van het programma en bevat informatie over de verschillende atomen, verbindingen, temperaturen en andere relevante data.

Er zijn verschillende soorten WU's, omdat er ook verschillende soorten proteďnen in verschillende fases van onderzoek en ook verschillende methoden van onderzoek. Deze verschillen kun je merken aan het formaat van de bestanden die op je computer staan, de gebruikte CPU-capaciteit en het gebruikte werkgeheugen. Dit vertaalt zich naar de punten die je voor de WU krijgt.
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#24

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:44

3c. Wat dóet een WU nu eigenlijk?
(vrije vertaling van deze tekst van een medewerker van de Pande Group van Stanford)

Laten we eerst beginnen met wat basale natuurkunde. Het basis-idee is dat van een "trajectory". Je zult je Newton's 2e wet nog wel herinneren. Die stelt dat de versnelling a (verandering van snelheid) die een deeltje ervaart in verhouding staat (via de massa van het deeltje) met de kracht die op het deeltje werkt. Dit betekent dat als we alle krachten op het deeltje in kaart brengen en zijn massa weten, we zijn versnelling kunnen berekenen. Als we de versnelling weten, kunnen we, door "calculus" te gebruiken, bepalen waar het deeltje zich bevindt ten opzichte van de locatie waar hij zich bevond. Dat betekent dus dat we kunnen bepalen waar het deeltje is in functie van de tijd. Dat resulteert in een zogenoemde "trajectory": een soort kaart waarop staat waar het deeltje zich op welk moment bevindt en waar het heen zal gaan. Trouwens, als ik hier deeltje zeg, dan bedoel ik dat we deze analyse op atomen, eiwitten, tennisballen, de space shuttle, de zon en alles wat ertussen zit zouden kunnen doen.

Dat doen we niet.

De analyse wordt een stuk moeilijker als er meer deeltjes in het systeem zitten. Bijvoorbeeld: als we een systeem op zouden zetten met alleen de aarde en de zon als zijnde 2 deeltjes die elkaars zwaartekracht ervaren, dan zou je de 2e wet van Newton erg makkelijk op kunnen lossen en een functie opschijven die beschijft waar de aarde en de zon zich ten opzichte van elkaar bevinden voor elke denkbaar moment in de tijd. Zou je de maan erbij betrekken en evt nog enkele planeten, dan zou deze functie helemaal niet meer uitgeschreven kunnen worden, maar je kan de 2e wet van newton dan wel numeriek oplossen. Dat is eigenlijk wat er gebeurt bij Folding@Home: de 2e wet van Newton numeriek oplossen voor duizenden atomen, duizenden keren, elke femtoseconde weer. Een femtoseconde is een seconde x 10-15. Wat daaruit komt is een "trajectory" voor atomen in een eiwit.

Als wij het vouwen van een eiwit simuleren, dan zou de trajectory misschien resulteren in een gevouwen eiwit. Misschien ook niet, we hebben geen manier om na te gaan of dit gebeurt vanuit een vastgestelde startopstelling van het eiwit. (maar desondanks bestuderen we het wel, dankzij ons Leger van Ondo....eeeeuh....jullie...Het Leger van Ondoden wordt gebruikt voor een heel ander project).

Dus, op mijn werk-pc kan ik een systeem simuleren van ongeveer 16.000 atomen groot, dat gedurende 1 nanoseconde beweegt. Daar doe ik (nuja, mijn pc) dan 1 werkdag over. Maar het eiwit dat ik aan het vouwen ben, heeft ongeveer 1 microseconde nodig om te vouwen! Om te simuleren dat mijn eiwit 1 microseconde vouwt, is mijn pc dus 1000 dagen aan het vouwen! Dan heb ik het nog niet eens over gemiddelde of grotere eiwitten die er honderden microseconden of zelfs hele milliseconden over zouden doen om te vouwen.

Misschien heb ik heel veel geluk en zou mijn eiwit vouwen in die tijd. Misschien heb ik heel veel pech en lukt het niet, en zouden ze me 35 jaar later vinden in een soort kelder van een kruipruimte onder het chemistry-gebouw van Stanford, een volslagen gestoord persoon, waanzinnig geworden door zijn PhD-onderzoek, 's nachts op zoek naar verspilde gist-extracten of iets anders om op te eten, NMR-buisjes verzamelend als primitieve juwelen (ik heb ooit horen zeggen.....)

Teneinde levensverspillende tragedies als deze te vermijden (het is toch al moeilijk voor de ouders), hebben wij honderdduizenden geďnteresseerde mensen gerecruteerd (jullie!) om ons een handje te helpen met dit werk. Ik zou aan een trajectory kunnen laten rekenen voor 1000 dagen, maar in plaats daarvan hebben we een stukje afgesneden en is er bedacht dat we aan 1000 of 10.000 of 100.000 trajectories gaan laten rekenen voor een paar dagen (of maanden, of jaren). Gemiddeld genomen komen uit een paar van die trajectories een volledig gevouwen eiwit (en we hebben zo onze methodes om nuttige informatie uit al het vouwwerk van FAH te halen).

Okee, hier komt 'ie: De CLONE-nummers zijn labels voor elke trajectory die we runnen. Elke GENeration is een klein stukje tijd van die trajectory. Stel je nu eens voor dat ik CLONE 0, GEN 0 (de eerste 4 nanaseconden) zou benchmarken. Dat is mijn WorkUnit. Als FAH dat afgevouwen heeft bouwt FAH meteen een nieuwe WU met de startcoördinaten, snelheden en temperaturen waar de mijne zijn opgehouden. Dat komt WorkUnit GEN 1, CLONE 0 naar jou toe om de volgende 4 nanoseconden te simuleren. Dat gaat zo nog wel eventjes door. Samenvattend: CLONE is een label voor een individuele trajectory en GENerations zijn tijdstappen van die trajectory.

RUNs zijn groepen van gelijke CLONEs. Alle CLONEs in een RUN hebben exact dezelfde atomen op exact dezelfde plaatsen bij dezelfde snelheid etc. Het verschil zit hem in de startsnelheid: de startbeweging van elk individueel atoom in het eiwit wordt random door elkaar gehusseld. Statistisch gezien worden de snelheden bepaald door de temperatuur, maar er zijn oneindig veel mogelijkheden om de atomen met verschillende snelheden te laten bewegen. Daarom proberen we eerst ongeveer 100 CLONEs om een beetje een helder idee te krijgen van de ruimte waarbinnen het eiwit zich kan bewegen. Verschillende snelheden toewijzen blijkt van essentieel belang te zijn. Als de conformatie waarmee we starten toevalligerwijs de transition-state is (halfweg gevouwen, halfweg niet gevouwen) dan zullen 50 van de 100 CLONEs volledig invouwen en 50 zullen dat niet.

De verschillende RUNs in een PROJect stellen, in hun eenvoudigste vorm, verschillende start-conformaties voor. We zouden dus kunnen beginnen met 100 RUNs van verschillende gedeeltelijk gevouwen structuren en proberen degene te vinden waarvan de helft van de CLONEs volledig vouwt: die RUN heeft dan de conformatie van de transition-state.

Waarom is dat transition-state gedonder zo belangrijk? De gevouwen staat van een eiwit is relatief simpel te identificeren, helemaal als analisten de structuur van het eiwit nauwkeurig bestudeerd en geďdentificeerd hebben. De ongevouwen versie van een eiwit is wat moeilijker, maar we kunnen de ongevouwen versie genereren door te simuleren dat we de gevouwen versie verhitten en daarmee het eiwit laten "smelten". Maar de weg die een eiwit aflegt om van ongevouwen naar gevouwen te gaan is nog wat moeilijker te bepalen. Als we de transition-state weten, weten we in ieder geval een punt op de weg die een eiwit aflegt en dat is belangrijk voor onderzoek naar het vouwen van eiwitten.

De RUNs zouden ook licht verschillende eiwitten kunnen weergeven, bijvoorbeeld mutanten van een eiwit. Ze zouden ook andere dingen kunnen voorstellen waar ik nog niet aan heb gedacht, maar ze zijn in ieder geval gelijkend genoeg aan andere RUNs in hetzelfde PROJect, zodat ze wel samen lid kunnen zijn van hetzelfde PROJect.

Om het samen te vatten: als ik een project opzet, zou ik het volgende doen.
  • 100 verschillende ongevouwen of gedeeltelijk ongevouwen conformaties van mijn eiwit van interesse uitkiezen. Dit worden mijn RUNs
  • Dan zet ik 100 verschillende CLONEs op voor elke RUN (Eigenlijk doe ik dat niet, ik loop gewoon een computerprogramma door, maar ik loop het programma wel heel goed door! En intelligent! En ik zie er ook nog goed uit als ik dat doe!) Elke CLONE bevat 1 WU op dit punt.
  • Dan laat ik de 100 RUNs x 100 CLONEs = 10 000 WU's los op de wereld! (jullie)
  • Ik ga lunchen
  • Ik lunch nog steeds
  • Na een paar weken kom ik terug en vind ik gekraakte WU's en GENerations vooruitgaan. Elk van de 10000 WU's was het begin van een trajectory, dus aan het eind heb ik 10.000 trajectory's van 50 of 100 nanoseonden.
  • Ik analyseer de data en leer weer iets nieuws over eiwitvouwingen!
En zo gaat dat. Ik ben eigenlijk nog niet zo lang bezig, dus stap 4,5,6 en 7 moet ik nog doen, maar ik ben een leuk eind op weg met stap 1,2 en 3 en nu is het dus een kwestie van wachten (en stap 1,2 en 3 nog heel vaak doen).
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#25

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:46

3d. Zijn er al resultaten geboekt?
Jazeker! Dankzij F@H is men in staat geweest om enkele eiwitten in het 5-10 microseconde-tijdsbeeld te vouwen met experimentele validatie van hun simulatieresultaten. Dit is een grote stap vooruit ten opzichte van vorig werk. Wetenschappelijke artikelen met gedetailleerde informatie over onze resultaten kunnen hier gevonden worden (engels). Men richt zich nu op andere belangrijke eiwitten die gebruikt worden in structurele biologische onderzoeken naar het vouwen, evenals de eiwitten die betrokken zijn bij ziekte. Er zijn er vele door gebruikers gecontroleerd en gepubliceerd in vooraanstaande bladen (Science, Nature, Nature Structural Biology, PNAS, JMB etc.) welke een resultaat zijn van F@H. Veel meer dan alle andere distributed computing-projecten samen!
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#26

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:48

3e. Blijft dit project voor altijd bezig of zit er nog een eind aan?
Simpel gezegd: zolang er nog eiwitten zijn die niet onderzocht zijn, is er nog werk voor Folding@Home. En zelfs als alle eiwitten onderzocht zijn, levert dit weer nieuwe vragen op, die ook weer onderzocht moeten worden. Bovendien, pas als er op een gegeven moment meer dan een miljoen CPU's actief zijn, ontstaan er mogelijkheden om onderzoek te doen wat nu nog niet mogelijk is. Denk hierbij aan complete DNA analyses, of bij het verbeteren van de computercapaciteiten zelfs analyses van celkernen of zelfs complete cellen. Dit is echter nog verre toekomstmuziek.
Naar verwachting zal Folding@Home de komende decennia dus niet eindigen. Je kunt het project wat dat betreft schier-oneindig noemen.
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#27

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:50

3f. Wie zit er achter het project en gebruikt de resultaten?
Folding@Home is opgezet door de Amerikaanse universiteit van Stanford, specifiek gezegd de Pande Group van de Chemische Faculteit. Deze Pande Group is een non-profit organisatie die zich inzet voor wetenschappelijk onderzoek en educatie. Er worden dan ook geen resultaten of onderzoeksgegevens verkocht, maar ze worden openbaar gemaakt voor iedereen. Dit gebeurt door de resultaten van de simulaties te analyseren en dit in wetenschappelijke bladen te publiceren. Na deze publicaties worden zowel de data als de wetenschappelijke analyse hiervan gepubliceerd op de website van het project.
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#28

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:55

3g. Is het slim om mijn computer 24/7 aan te laten staan voor F@H?
Als 'ie toch 24 uur per dag moet draaien om een of andere reden is dan is er niets aan de hand. Als je alleen je computer aan laat staan om te vouwen dan is het zonde van je geld en zonde van de energie. Je kunt dan beter nieuwe vouwers recruteren. Het percentage computers dat onderbenut staat te draaien op deze wereld is gigantisch groot, en dus is er dubbele verspilling als andere computers 24/7 aanstaan alleen om te vouwen.
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#29

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:57

3h. Waarom zijn er deadlines?
Om het vouwen van een proteďne te simuleren is een zeer lange berekening nodig. Het is nodig om deze berekeningen in serie uit te voeren. Parallel is niet mogelijk, simpelweg omdat je niet kunt simuleren wat op een bepaalde tijd gebeurt als je niet weet wat daaraan voorafgegaan is.
Om nu de analyse van andere workunits niet te stremmen, is het nodig dat de WU's die worden geanalyseerd binnen een bepaalde tijd terug komen. De resultaten hiervan kunnen dan gebruikt worden om nieuwe WU's te maken. Alleen zó kan het project dus voortgang boeken.
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.

#30

Prof. Folding

    Prof. Folding


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 april 2007 - 10:57

3i. Waarom is een WU niet altijd evenveel punten waard?
Het aantal punten dat aan een WU wordt toegekend is afhankelijk van de benodigde rekenkracht en de flexibiliteit van de client (het programma waarmee je vouwt). De benodigde rekenkracht spreekt voor zich, als er veel rekenkracht nodig is, is de WU veel punten waard. Moeilijker is het met de flexibiliteit van de client. De GPU-client is weliswaar verreweg het snelst, maar het minst flexibel. Dit betekent dat er maar een beperkt gedeelte van de WU's op geanalyseerd kan worden. Veel flexibeler is de CPU-client, die vrijwel alle WU's aankan. Hiervoor wordt een correctie toegepast.
Contacteer mij niet, ik ben een slechts een robot.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures