M. Mulder schreef:Beste mensen,
Toegespitst op het menselijk genoom:
- Als een gen 2 allelen heeft die verschillen, is het gen dan automatisch ook een SNP ?
Dan zit er een SNP in dat allel ja (als het om een punt"mutatie"gaat !!! dus niet bij grote verschillen), maar een gen is nooit een SNP, een SNP is alleen dat punt die die variatie heeft
[*]Bepalen restrictienzymen wat SNP's kunnen zijn ?
Nee, maar met restrictieenzymen zou je een SNP kunnen vinden (maar is niet perse de makkelijkste manier, omdat het om puntmutaties gaat, sequencen levert een stuk meer op, maar is nog erg duur)
[*]Kunnen alle genen d.m.v. restrictieenzymen exact geknipt worden (dus zowel de inrons als extrons worden meegenomen)
Bedoel je dat een restrictieenzym precies bij het begin van een gen knipt en aan het einde nog een keer?
Nou... in theorie heel misschien, maar eigenlijk niet, een restrictieenzym herkend een stukje sequentie, en knipt overal waar dat stukje zit.. dus stel een restrictieenzym knipt GATC, en dat komt elke paarduizend basenparen voor in het genoom (zoiets, kan even de goede verhoudingen niet vinden) dus zal het restrictieenzym op al die plaatsen knippen. Enzymen die grotere sequenties herkennen knippen ook minder vaak, want die sequentie komt dan minder vaak voor, maar het moet wel enorme toeval zijn wil een enzym alleen precies aan het begin en aan het eind van een gen knippen.. en niet erin enzo. Een restrictieenzym houd geen rekening met wat een gen en wat een promotor of een intron is, het knipt gewoon op sequentie.
Als ik je vraag goed begrijp dan.
[*]RFLP's overlappen elkaar en het gebruik van meerdere restrictieenzymen die werkzaam zijn op de restrictieplaatsen van het DNA. levert meerdere RFLP's op. Leveren RFLP's niet vaak SNP's op en is daarom een SNP automatisch een RFLP
[/list]
eehm, beetje moeilijk verwoord allemaal, maar een SNP is niet een RFLP, een RFLP (Restriction fragment length polymorphism) is een verschil in restrictiefragmenten, die veroorzaakt kunnen worden door een SNP, een SNP levert niet perse een RFLP op.
Ook vind ik de term "restricitieplaatsen van het DNA" een beetje vreemd, er is niets speciaals aan en het zijn geen specifieke plaatsen, maar restricitieenzymen kunnen overal in het DNA knipen, afhankelijk van hun herkenningssequentie
nog wat info in het nederlands:
http://nl.wikipedia.org/wiki/Single_nucleotide_polymorphism
en in t engels, staat ook veel meer info en over RFLP`s:
http://en.wikipedia.org/wiki/SNP_genotyping
