Sequentie analyse

Moderator: ArcherBarry

Reageer
Gebruikersavatar
Berichten: 108

Sequentie analyse

Ik had 'n vraagje over sequentie analyse, meer bepaald over N-terminale eindgroepbepaling en Edman-degradatie.

Ik weet hoe beide zaken werken, maar als je nu es met een multisubunit eiwit te maken hebt. Dan zie je 2 pieken bij detectie, neem ik aan(bij 1 eiwit zie je gwn 1 piek voor het desbetreffende aminozuur). Geldt dit voor zowel eindgroepbepaling als Edman?

Ik ben er vrij zeker van dat dit geldt voor eindgroepbepaling, als je 2 eindstandige aminozuren vindt, moet je wel te maken hebben met meerdere subeenheden. Maar eigenlijk geldt dan toch identiek hetzelfde voor Edmandegradatie? En niet alleen voor het 1ste afgesplitste aminozuur(het N-terminale op het oorspronkelijke eiwit), maar ook voor de verder afgesplitste aminozuren?
zwitterion schreef:Ik had 'n vraagje over sequentie analyse, meer bepaald over N-terminale eindgroepbepaling en Edman-degradatie.

Ik weet hoe beide zaken werken, maar als je nu es met een multisubunit eiwit te maken hebt. Dan zie je 2 pieken bij detectie, neem ik aan(bij 1 eiwit zie je gwn 1 piek voor het desbetreffende aminozuur). Geldt dit voor zowel eindgroepbepaling als Edman?

Ik ben er vrij zeker van dat dit geldt voor eindgroepbepaling, als je 2 eindstandige aminozuren vindt, moet je wel te maken hebben met meerdere subeenheden. Maar eigenlijk geldt dan toch identiek hetzelfde voor Edmandegradatie? En niet alleen voor het 1ste afgesplitste aminozuur(het N-terminale op het oorspronkelijke eiwit), maar ook voor de verder afgesplitste aminozuren?
Moest het nodig zijn, wil ik hier eerst nog even de theorie van eindgroepbepaling en Edmandegradatie uit de doeken doen, ben dat toch net aan het blokken(vandaar die vraag hèhè).
Everything is chemistry.

Berichten: 12.262

Re: Sequentie analyse

Ik ben er vrij zeker van dat dit geldt voor eindgroepbepaling, als je 2 eindstandige aminozuren vindt, moet je wel te maken hebben met meerdere subeenheden.
Even de praktische kant daarvan:

Ik neem aan dat je doelt op wat er zou gebeuren als je eiwit met verschilende subunits (zeg een heterodimeer) in zn geheel middels edman- of andere n-terminale degradatie probeert te analyseren. Je hebt gelijk voor wat betreft dat je dan 2 verschillende aminozuren zou terugzien per stap.

Alleen is het praktisch zo dat deze analyse alleen werkt op relatief korte peptide (zeg 30 aminozuren). Nagenoeg ieder eiwit is groter dan dat, en een (hetero)dimeer in ze geheel sowieso. Daardoor is het nodig een eiwit eerst te knippen in hanteerbare stuken (met trypsine oid). Die stukken worden vervolgens eerst van elkaar gescheiden en dan geanalyseerd. Zou je een heterodimeer hebben, dan zie je dus stukken van beide subunits.
Victory through technology

Gebruikersavatar
Berichten: 108

Re: Sequentie analyse

Benm schreef:Even de praktische kant daarvan:

Ik neem aan dat je doelt op wat er zou gebeuren als je eiwit met verschilende subunits (zeg een heterodimeer) in zn geheel middels edman- of andere n-terminale degradatie probeert te analyseren. Je hebt gelijk voor wat betreft dat je dan 2 verschillende aminozuren zou terugzien per stap.

Alleen is het praktisch zo dat deze analyse alleen werkt op relatief korte peptide (zeg 30 aminozuren). Nagenoeg ieder eiwit is groter dan dat, en een (hetero)dimeer in ze geheel sowieso. Daardoor is het nodig een eiwit eerst te knippen in hanteerbare stuken (met trypsine oid). Die stukken worden vervolgens eerst van elkaar gescheiden en dan geanalyseerd. Zou je een heterodimeer hebben, dan zie je dus stukken van beide subunits.
Bedankt!
Everything is chemistry.

Gebruikersavatar
Berichten: 8.557

Re: Sequentie analyse

Doordat deze digestie aspecifiek gebeurd, zullen er gedeeltelijke overlappingen ontstaan van peptideketens ontstaan. Hierdoor is het eenvoudig om de gehele sequentie aan elkaar te puzzelen.
"Meep meep meep." Beaker

Berichten: 12.262

Re: Sequentie analyse

Dat klopt inderdaad.. dus als je een hetereodimeer (of gewoon 2 verschillende eiwitten in een sample hebt) lukt het meestal niet de sequenties aan elkaar te knopen. Overigens kunnen daarbij wel problemen optreden als beide eiwitten een redelijk deel van gelijke sequentie hebben, maar daar komt men normaliter wel uit.
Victory through technology

Reageer