Ik heb een vraagje in verband met next generation sequencing (met bridge amplification): is het zo dat het hele fragment wordt gesequenced? Of enkel de uiteinden?
Op illustraties staat het vaak afgebeeld alsof het hele DNA fragment wordt gesequeneerd adhv fluorescente dNTPs, maar als dit zo is, waarom zou men dan paired end sequencing gebruiken, waar enkel wordt gekeken naar de uiteinden? Het is toch gemakkelijker om een DNA fragment te aligneren met het referentiegenoom als men de hele sequentie kent?
Alvast bedankt!!
Met vriendelijke groetjes
Ines
