next generation sequencing

[sdb3]

Beste iedereen

In hoeverre komen whole exome sequencing en shallow whole genome sequencing overeen met elkaar? Is het zo dat de exome sequencing gebaseerd is op de werking van shallow sequencing?

Bedankt!

[Wouter_Masselink]

Het zijn totaal verschillende aanpakken. De chemie die verantwoordelijk is voor de sequencing is in principe hetzelfde. Het grote verschil zit in de library prep. Voor shallow whole genome sequencing gebruik het hele genoom. Dit is in tegenstelling tot exome sequencing waar je met specifieke primers exomen uit je DNA isoleert.

Zeker met een onbekend organisme of een organisme waar geen goed exome voor beschikbaar is, is het vaak handig om cDNA samples van verschillende tijdspunten met elkaar te mengen om zodoende het exome sequencing te benaderen.

[sdb3]

Bedankt voor uw reactie!
Mijn lesgever vertelde dat de start van beide methoden hetzelfde was maar als ik u goed begrepen heb is het dus niet zo dat je bij de whole exome sequencing de methode van de shallow whole genome gaat gebruiken.

[Wouter_Masselink]

De chemie die achter het sequencen zit is gestandaardiseerd en gaat bij ons eigenlijk altijd door middel van illumina sequencing. De preparatie van de library zal in beide gevallen anders zijn.

Shallow genome sequencing en deep genome sequencing verschillen alleen in de diepte waarom je sequenced, de methode is identiek, maar je gebruikt misschien een aantal lanes extra. We kunnen het dus voor de eenvoud over whole genome sequencing hebben.

Als we dan kijken naar de library prep voor whole genome en exome sequencing dan zullen beide grotendeels identiek zijn. In beide gevallen isoleer je DNA, fragmenteer je dit vervolgens en hang je er sequencing extensions aan je DNA (er komt ook nog wat QC bij kijken maar dat laten we maar even achterwege). In het geval van exome sequencing doe je een extra stap na de DNA isolatie en fragmentatie, namelijk de exome capture. Vervolgens ga je gewoon verder met de library prep zoals je dat ook voor whole genome sequencing zou doen.

De library prep verschilt dus tussen whole genome en exome sequencing. De chemie die verantwoordelijk is voor het daadwerkelijke sequencing is identiek. Je zou zelfs op een enkele flowcell een combinatie van whole genome en exome sequencing kunnen door door middel van multiplexing.

[sdb3]

Oké ik begrijp het, dankjewel!