Marker/ladder te hoog uitgekomen
Geplaatst: vr 31 mei 2019, 11:39
Goedemorgen beste mensen,
Voor biomoleculaire Identificatie hebben we op school een experiment uitgevoerd waarbij we eerst ons eigen DNA hebben geamplificeerd met een PCR, en vervolgens hebben we dit in een 1,5% agarosegel in TAE-buffer 1x gerunned. Na het elektroforeren hebben we met de EZ gel analyser de gek bekeken. Op het scherm bleek toen dat de ladder die we toegevoegd hadden hoger uitkwam dan ALLE monsters (zie bijlage). Dit is simpelweg niet mogelijk omdat we PV92 hebben geamplificeerd, en dit gen is minimaal 416 bp groot.
ik zat me af te vragen wat dit heeft veroorzaakt. Ik heb al wel aan bepaalde oorzaken zitten denken, maar ik wil het graag zeker weten zodat ik hieruit iets kan opsteken.
Mijn eigen potentiële foutenbronnen:
- Gel niet lang genoeg gerunned
- Te weinig Volt op de gel gezet
- Gel slecht gekookt (overal witte stippen = verhindert voorttrekking van monsters??)
De gebruikte chemicaliën:
- Agarose
- SYBR safe
- 100 bp DNA marker (N3231S NEB)
- Loading dye (4x of 6x)
50 x TAE buffer (voor elektroforese verdund natuurlijk!)
Bedankt voor het meedenken!
Jamie
edit: typo's
Voor biomoleculaire Identificatie hebben we op school een experiment uitgevoerd waarbij we eerst ons eigen DNA hebben geamplificeerd met een PCR, en vervolgens hebben we dit in een 1,5% agarosegel in TAE-buffer 1x gerunned. Na het elektroforeren hebben we met de EZ gel analyser de gek bekeken. Op het scherm bleek toen dat de ladder die we toegevoegd hadden hoger uitkwam dan ALLE monsters (zie bijlage). Dit is simpelweg niet mogelijk omdat we PV92 hebben geamplificeerd, en dit gen is minimaal 416 bp groot.
ik zat me af te vragen wat dit heeft veroorzaakt. Ik heb al wel aan bepaalde oorzaken zitten denken, maar ik wil het graag zeker weten zodat ik hieruit iets kan opsteken.
Mijn eigen potentiële foutenbronnen:
- Gel niet lang genoeg gerunned
- Te weinig Volt op de gel gezet
- Gel slecht gekookt (overal witte stippen = verhindert voorttrekking van monsters??)
De gebruikte chemicaliën:
- Agarose
- SYBR safe
- 100 bp DNA marker (N3231S NEB)
- Loading dye (4x of 6x)
50 x TAE buffer (voor elektroforese verdund natuurlijk!)
Bedankt voor het meedenken!
Jamie
edit: typo's