Laatste berichten
-
23:12
speciale rel. theorie 10
-
22:57
Straatklok loopt 5 minuten voor 11
-
22:57
wig 6
-
22:36
Gravity and gravitation 4
-
22:24
[scheikunde] vraag Chemie - wat is de oplossing? 10
-
19:47
Bruine vlekken op treinaanwijzerbord 10
-
19:44
Vogels in de stad zijn goede klussers 2
-
19:12
Rood laserlicht 3
-
17:30
Herleiden afmetingen vanaf een foto 21
-
16:34
[wiskunde] Prijs Product per KG; Alternatief Inzicht 3
-
13:57
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 9
-
13:16
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 17
-
13:12
[natuurkunde] kroon van koning op Syracuse 10
-
10:15
2013 – Augustus Vraag 3 3
-
24 apr
Vraag 2009 Juli Vraag 5 5
-
24 apr
positie 2
-
24 apr
Schroefdraad berekening 8
-
24 apr
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
23 apr
Weerfrustratie 9
-
23 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
Chromatografie
Moderator: ArcherBarry
Forumregels
(Middelbare) school-achtige vragen naar het forum "Huiswerk en Practica" a.u.b.
Zie eerst de Huiswerkbijsluiter
(Middelbare) school-achtige vragen naar het forum "Huiswerk en Practica" a.u.b.
Zie eerst de Huiswerkbijsluiter
-
- Berichten: 2.399
Re: Chromatografie
Tekort: Veel monster componenten zullen geen interactie aan gaan met je kolom en dus snel elueren. Wanneer je analiet ook weinig retentie heeft dan zit deze midden in de andere stoffen en heb je dus niks gescheiden (wat toch het doel is in chromatografie)
Telang: Dit is gewoon hinderlijk en niet efficient als een dure HPLC 5uur bezig is met een bepaalde run.
Telang: Dit is gewoon hinderlijk en niet efficient als een dure HPLC 5uur bezig is met een bepaalde run.
-
- Berichten: 1.153
Re: Chromatografie
Ik ken methodes die 34 uur duren en heel efficient zijn (er zijn geen andere LC methoden die 2000000 peptiden base-line gescheiden hebben)Dit is gewoon hinderlijk en niet efficient als een dure HPLC 5uur bezig is met een bepaalde run
Maar verder heb je helemaal gelijk.
-
- Berichten: 2.399
Re: Chromatografie
Klopt dat zijn die MudPIT analyses toch?
Nee maargoed Jeroen snijdt inderdaad een punt aan. Je moet een analyse zo opstellen dat je een basislijn scheiding krijgt. Dit kan in simpele matrixes vaak al na een paar minuten wanneer een kolom slim gekozen wordt. Voor uitgebreide analyses zoals die van een compleet plasma proteome wat jeroen bedoelt is een hoge peak capacity nodig, deze peak capacity is zelfs zohoog dat het niet eens op een normale LC haalbaar is, iets wat zeer lange analysetijden met zich meebrengt. Dit heeft trouwens wel tot gevolg dat deze analyses niet efficient zijn in mijn ogen. Er is niets beters, maar we kunnen ons zeker wel afvragen of analyses van 35uur nog wel kosten efficient zijn.
Nee maargoed Jeroen snijdt inderdaad een punt aan. Je moet een analyse zo opstellen dat je een basislijn scheiding krijgt. Dit kan in simpele matrixes vaak al na een paar minuten wanneer een kolom slim gekozen wordt. Voor uitgebreide analyses zoals die van een compleet plasma proteome wat jeroen bedoelt is een hoge peak capacity nodig, deze peak capacity is zelfs zohoog dat het niet eens op een normale LC haalbaar is, iets wat zeer lange analysetijden met zich meebrengt. Dit heeft trouwens wel tot gevolg dat deze analyses niet efficient zijn in mijn ogen. Er is niets beters, maar we kunnen ons zeker wel afvragen of analyses van 35uur nog wel kosten efficient zijn.
-
- Berichten: 1.153
Re: Chromatografie
Dat zijn inderdaad MudPIT (multi dimensional protein identification techniques)
Kosten efficient zijn 35 uur durende metingen niet altijd. Hoewel, als je het in losse apparte metingen gaat opdelen, van elk 30 minuten, ben je dan aan het eind duurder of goedkoper uit? ik weet het niet.
Kosten efficient zijn 35 uur durende metingen niet altijd. Hoewel, als je het in losse apparte metingen gaat opdelen, van elk 30 minuten, ben je dan aan het eind duurder of goedkoper uit? ik weet het niet.
-
- Berichten: 2.399
Re: Chromatografie
Mja wat ik eigenlijk bedoelde was dit soort analyses alleen worden gebruikt in de biomarker discovery. Wanneer met indicaties etc heeft van potentiele proteinen die een bepaalde rol spelen, gaat men vaak toch al sneller over op immuno assays en bait en fish approaches, om de rede dat die veel sneller zijn dan een MudPIT approach.
-
- Berichten: 1.153
Re: Chromatografie
Nu komen we op een ander onderwerp uit. Wanneer is een mudpit handiger dan een immuno assay.
Naar mijn mening is een immuno assy handig als je al weet wat er in je monster kan zitten. Maar kijk je naar onbekenden dan is mudpit erg geschikt.
Niet alle mudpit zijn 35 uur. Mijn methode duurt 90 minuten. Maar ik hoef geen twee miljoen peptiden te scheiden. Ik wil zoveel scheiding dat ik een identificatie van mijn onbekend monster krijg.
Wanneer mijn doel zou zijn om 100% een proteome van een organisme op te helderen zou mijn keuze op 2D-gel in combinatie met een digest met een 2D-LC-MS/MS methode komen, dus eerst een 100% scheiding van proteinen in een gel dan een 100% scheiding van de peptiden uit het digest op de 2D-LC (althans zo dicht mogelijk bij de 100%) en dan ben je wel een paar weken bezig om alles te hebben opgehelderd.
Om weer terug te komen op de oorspronkelijke vraag:
Afhankelijk van wat je wilt bepalen kies je lange of korte elutie.
Naar mijn mening is een immuno assy handig als je al weet wat er in je monster kan zitten. Maar kijk je naar onbekenden dan is mudpit erg geschikt.
Niet alle mudpit zijn 35 uur. Mijn methode duurt 90 minuten. Maar ik hoef geen twee miljoen peptiden te scheiden. Ik wil zoveel scheiding dat ik een identificatie van mijn onbekend monster krijg.
Wanneer mijn doel zou zijn om 100% een proteome van een organisme op te helderen zou mijn keuze op 2D-gel in combinatie met een digest met een 2D-LC-MS/MS methode komen, dus eerst een 100% scheiding van proteinen in een gel dan een 100% scheiding van de peptiden uit het digest op de 2D-LC (althans zo dicht mogelijk bij de 100%) en dan ben je wel een paar weken bezig om alles te hebben opgehelderd.
Om weer terug te komen op de oorspronkelijke vraag:
Afhankelijk van wat je wilt bepalen kies je lange of korte elutie.
-
- Berichten: 2.399
Re: Chromatografie
haha nu zijn we heel erg offtopic gekomen trouwens.
Maar met gel bereik je zeker geen 100% hoor dat zou mijn keuze absoluut niet zijn. Hydrophobe proteinen zullen de gel nauwelijks in migreren (zoals membraan proteinen), en proteines met een hoge pI zullen ook niet migreren of van de gel aflopen (gevolg is een gigantische bias). Ik heb een aantal artikelen hier liggen waaruit blijkt dat een LC-LC/MS approach meer proteine identificaties geeft dan een gel.
Maargoed wat ik dus wilde zeggen is dat zodra men er vanaf kan, men andere methoden gaat zoeken.
Voor de vraagsteller, te lang is dus niet goed, maar een lange analyse kan soms wel nodig zijn
Maar met gel bereik je zeker geen 100% hoor dat zou mijn keuze absoluut niet zijn. Hydrophobe proteinen zullen de gel nauwelijks in migreren (zoals membraan proteinen), en proteines met een hoge pI zullen ook niet migreren of van de gel aflopen (gevolg is een gigantische bias). Ik heb een aantal artikelen hier liggen waaruit blijkt dat een LC-LC/MS approach meer proteine identificaties geeft dan een gel.
Maargoed wat ik dus wilde zeggen is dat zodra men er vanaf kan, men andere methoden gaat zoeken.
Voor de vraagsteller, te lang is dus niet goed, maar een lange analyse kan soms wel nodig zijn
-
- Berichten: 161
Re: Chromatografie
Ach, als je er niet bij hoeft te blijven is het toch geen probleem als een bepaling langer duurt? Liever wat langzamer en beter toch?
-
- Berichten: 1.122
Re: Chromatografie
Dat ligt er maar net aan waar de analyse toe dient. Analyses in de routine (bijvoorbeeld ziekenhuizen) moeten zo snel mogenlijk gebeuren. Hoe korter de analyse hoe hoger de through-put(aantal analyses per uur) en hoe lager de kosten.
