Wetenschapsforum

Hoi!

Ik heb een onderzoek uitgevoerd. Nu waren alle gegevens in principe gegeven. Nu wil ik graag alsnog het volgende achterhalen: Ik zou graag mijn primers en mijn DNA-sequenties blasten.

Primers:

Primers voor Amel XY:

AmelPigFW 5" CRCMTTCATTGAYAATTCAC

AmelPigRV 5" CCAGAGGTTGTAACCTTACAG

Primers voor Male specific Pig:

MalePigFW 5" AAGTGGTCAGCGTGTCCATA

MalePigRV 5" TTTCTCCTGTATCCTCCTGC

Verder heb ik eigenlijk weinig tot geen gegevens. Er is gebruik gemaakt van varkenssperma. Ik zou graag willen weten op welke sequentie er gekeken is, maar ik weet niet hoe ik hier achter moet komen. (Ja door middel van ncbi, maar dan..?) Ik heb al gezocht op pig sperm, en daar kreeg ik wel een sequentie uit, maar ik weet niet welke gegevens je hiervan moet gebruiken om in te voeren in blast. Ook heb ik geen idee of dit eigenlijk wel de goeie sequentie is, aangezien daar verder weinig tot niets over bekend is. Ik heb de sequentie samen met alle 4 de primers (geen idee of ik ze alle 4 moest pakken o 1 of 3 of 2.. dus ik heb maar wat geprobeerd) ingevoerd in blast, primers beneden, sequentie boven en laten runnen, maar daar kwam niks uit.

Iemand die me hiermee iets verder op weg zou kunnen helpen??

De sequetie gevonden bij ncbi:

ORIGIN

1 gaattccggg tggaagtacc tgttctccgc aggcgctatg tggttgcggc cgtccatctg

61 gctctgcttt ccgctgtgtc ttgctctgcc aggccagtct cagcccaaag cagcagatga

121 ccttggtggc ctctactgtg ggccaagcag ctttcatttc tccataaatc ttctcagcca

181 ggacacagca actcctcctg cactggtggt ttgggacagg cgcgggcggc tgcacaagct

241 gcagaatgac tctggctgtg gcacgtgggt ccacaagggc ccaggcagct ccatgggagt

301 ggaagcatcc tacagaggct gctatgtgac tgagtgggac tctcactacc tcatgcccat

361 tggacttgaa gaagcagatg caggtggaca cagaacagtc acagagacga aactgtttaa

421 gtgccctgtg gatttcctag ctcttgatgt tccaaccatt ggcctttgtg atgctgtccc

481 agtgtgggac cgattgccat gtgctcctcc acccatcact caaggagaat gcaagcagct

541 tggctgctgc tacaactcgg aagaggtccc ttcttgttac tatggaaaca cagtgacctc

601 acgctgtacc caagatggcc acttctccat cgctgtgtct cgcaatgtga cctcacctcc

661 actgctctgg gattctgtgc acctggcctt cagaaatgac agtgaatgta aacctgtgat

721 ggaaacacac acttttgtcc tcttccggtt tccatttagt tcctgtggga ctgcaaaacg

781 ggtaactggg aaccaggcgg tatatgaaaa tgagctggta gcagctcggg atgtgaggac

841 ttggagccat ggttctatta cccgagacag catcttcagg cttcgagtca gttgtatcta

901 ctctgtaagt agcagtgctc tcccagttaa catccaggtt ttcactctcc caccaccgct

961 tccggagacc caccctggac ctcttactct ggagcttcag attgccaaag atgaacgcta

1021 tggctcctac tacaatgcta gtgactaccc ggtggtgaaa ttgcttcggg agcccatcta

1081 tgtggaggtc tctatccgtc accgaacaga ccccagtctc gggctgcacc tgcaccagtg

1141 ctgggccaca cccggcatga gccccctgct ccagccacag tggcccatgc tagtcaatgg

1201 atgcccctac actggagaca actaccagac caaactgatc cctgtccaga aagcctcaaa

1261 cctgctattt ccttctcact accagcgttt cagtgtttcc accttcagtt ttgtggactc

1321 tgtggcaaag caggcactca agggaccggt gtatctgcat tgtactgcat cggtctgcaa

1381 gcctgcaggg gcaccgatct gtgtgacaac ctgtcctgct gccagacgaa gaagaagttc

1441 tgacatccat tttcagaatg gcactgctag catttctagc aagggtccca tgattctact

1501 ccaagccact cgggactctt cagaaaggct ccataaatac tcaaggcctc ctgtagactc

1561 ccatgctctg tgggtggctg gcctcttggg aagcttaatt attggagcct tgttagtgtc

1621 ctacctggtc ttcaggaaat ggagatgagt tactcagacc aaatgtgtca ataaaaccaa

1681 taaaacaaaa ccggaattc

Bovenstaande sequentie NCBI

Alvast bedankt..

Met vriendelijke groet, Kelly.

Deze sequentie is natuurlijk niet het hele "pig sperm" DNA. Ik zou me kunnen voorstellen dat er geen hit is.

Zou je niet het complement van de primer tegen de hele sequence database kunnen blasten?

Haha

Dat had ik mezelf dus ook al afgevraagd.. Ik heb alleen totaal geen ervaring met blast (heb het 1 keer gebruikt/uitgevoerd) dus ik wist niet of dit een reeel beeld zou geven.. Je krijgt wel het target DNA dan, maar niet wat er voor of na komt.. Geen idee ook of dit verder nog nodig is, maar het is wellicht een idee om te doen wat je zei..

Ik ga het even proberen. Alvast bedankt!

Iemand anders nog andere ideeen?

Alvast bedankt!