primer design
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 11
primer design
hallo mensen,
ik moet een forward en een reversed primer ontwikkelen voor de onderstaande sequentie.. ik heb een idee wat de forward primer moet zijn, dat begint namelijk met ATG.. (18-20 nucleotides lang), gewoon het begin van gepubliceerde sequentie, maar ik heb geen idee hoe ik de reversed primer moet ontwikkelen,
zou iemand mij hiermee kunnen helpen?
Bedankt,
Robbert-Jan
ATGGGAGGGCACCCGCAGCTCCGTCTCGTCAAGGCCCTTCTCCTTCTGGGGCTGAACCCCGTCTCTGCCCCCTCCAGGACCAGCACTGCGAGAGCCTGTCCCTGGCCAGCAACATCTCAGGACTGCAGTGCAACGCATCCGTGGACCTCATTGGCACCTGCTGGCCCCGCAGCCCTGCGGGGCAGCTAGTGGTTCGGCCCTGCCCTGCCTTTTTCTATGGTGTCCGCTACAATACCACAAACAATGGCTACCGGGAGTGCCTGGCCAATGGCAGCTGGGCCGCCCGCGTGAATTACTCCGAGTGCCAGGAGATCCTCAATGAGGAGAAAAAAAGCAAGGTGCACTACCA
TGTCGCAGTCATCATCAACTACCTGGGCCACTGTATCTCCCTGGTGGCCCTCCTGGTGGCCTTTGTCCTCTTTCTGCGGCTCAGGAGCATCCGGTGCCTGCGAAACATCATCCACTGGAACCTCATCTCCGCCTTCATCCTGCGCAACGCCACCTGGTTCGTGGTCCAGCTAACCATGAGCCCCGAGGTCCACCAGAGCAACGTGGGCTGGTGCAGGTTGGTGACAGCCGCCTACAACTACTTCCATGTGACCAACTTCTTCTGGATGTTCGGCGAGGGCTGCTACCTGCACACAGCCATCGTGCTCACCTACTCCACTGACCGGCTGCGCAAATGGATGTTCATCTGCA
TTGGCTGGGGTGTGCCCTTCCCCATCATTGTGGCCTGGGCCATTGGGAAGCTGTACTACGACAATGAGAAGTGCTGGTTTGGCAAAAGGCCTGGGGTGTACACCGACTACATCTACCAGGGCCCCATGATCCTGGTCCTGCTGATCAATTTCATCTTCCTTTTCAACATCGTCCGCATCCTCATGACCAAGCTCCGGGCATCCACCACGTCTGAGACCATTCAGTACAGGAAGGCTGTGAAAGCCACTCTGGTGCTGCTGCCCCTCCTGGGCATCACCTACATGCTGTTCTTCGTCAATCCCGGGGAGGATGAGGTCTCCCGGGTCGTCTTCATCTACTTCAACTCCTTC
CTGGAATCCTTCCAGGGCTTCTTTGTGTCTGTGTTCTACTGTTTCCTCAATAGTGAGGTCCGTTCTGCCATCCGGAAGAGGTGGCACCGGTGGCAGGACAAGCACTCGATCCGTGCCCGAGTGGCCCGTGCCATGTCCATCCCCACCTCCCCAACCCGTGTCAGCTTTCACAGCATCAAGCAGTCCACAGCAGTCTGA
ik moet een forward en een reversed primer ontwikkelen voor de onderstaande sequentie.. ik heb een idee wat de forward primer moet zijn, dat begint namelijk met ATG.. (18-20 nucleotides lang), gewoon het begin van gepubliceerde sequentie, maar ik heb geen idee hoe ik de reversed primer moet ontwikkelen,
zou iemand mij hiermee kunnen helpen?
Bedankt,
Robbert-Jan
ATGGGAGGGCACCCGCAGCTCCGTCTCGTCAAGGCCCTTCTCCTTCTGGGGCTGAACCCCGTCTCTGCCCCCTCCAGGACCAGCACTGCGAGAGCCTGTCCCTGGCCAGCAACATCTCAGGACTGCAGTGCAACGCATCCGTGGACCTCATTGGCACCTGCTGGCCCCGCAGCCCTGCGGGGCAGCTAGTGGTTCGGCCCTGCCCTGCCTTTTTCTATGGTGTCCGCTACAATACCACAAACAATGGCTACCGGGAGTGCCTGGCCAATGGCAGCTGGGCCGCCCGCGTGAATTACTCCGAGTGCCAGGAGATCCTCAATGAGGAGAAAAAAAGCAAGGTGCACTACCA
TGTCGCAGTCATCATCAACTACCTGGGCCACTGTATCTCCCTGGTGGCCCTCCTGGTGGCCTTTGTCCTCTTTCTGCGGCTCAGGAGCATCCGGTGCCTGCGAAACATCATCCACTGGAACCTCATCTCCGCCTTCATCCTGCGCAACGCCACCTGGTTCGTGGTCCAGCTAACCATGAGCCCCGAGGTCCACCAGAGCAACGTGGGCTGGTGCAGGTTGGTGACAGCCGCCTACAACTACTTCCATGTGACCAACTTCTTCTGGATGTTCGGCGAGGGCTGCTACCTGCACACAGCCATCGTGCTCACCTACTCCACTGACCGGCTGCGCAAATGGATGTTCATCTGCA
TTGGCTGGGGTGTGCCCTTCCCCATCATTGTGGCCTGGGCCATTGGGAAGCTGTACTACGACAATGAGAAGTGCTGGTTTGGCAAAAGGCCTGGGGTGTACACCGACTACATCTACCAGGGCCCCATGATCCTGGTCCTGCTGATCAATTTCATCTTCCTTTTCAACATCGTCCGCATCCTCATGACCAAGCTCCGGGCATCCACCACGTCTGAGACCATTCAGTACAGGAAGGCTGTGAAAGCCACTCTGGTGCTGCTGCCCCTCCTGGGCATCACCTACATGCTGTTCTTCGTCAATCCCGGGGAGGATGAGGTCTCCCGGGTCGTCTTCATCTACTTCAACTCCTTC
CTGGAATCCTTCCAGGGCTTCTTTGTGTCTGTGTTCTACTGTTTCCTCAATAGTGAGGTCCGTTCTGCCATCCGGAAGAGGTGGCACCGGTGGCAGGACAAGCACTCGATCCGTGCCCGAGTGGCCCGTGCCATGTCCATCCCCACCTCCCCAACCCGTGTCAGCTTTCACAGCATCAAGCAGTCCACAGCAGTCTGA
- Berichten: 11.177
Re: primer design
Stomme vraag/antwoord van een leek. Wordt dat niet gewoon de complementaire string?
-
- Berichten: 740
Re: primer design
AGCAGTCCACAGCAGTCTGA dit zijn de laatste 20 bp.
Deze maak je reverse complementair, dan kom je uit op:
TCAGACTGCTGTGGACTGCTTGATG
Deze maak je reverse complementair, dan kom je uit op:
TCAGACTGCTGTGGACTGCTTGATG
-
- Berichten: 723
Re: primer design
Raadpleeg eens een databank voor primer design (weet nietmeer hoe ze noemen.. Maar via pubmed kom je er wel. Je weet immers niet of je naar een unieke sequentie aan het zoeken bent en als dat niet is amplificeer je mss het verkeerde gen...
-
- Berichten: 83
Re: primer design
Ik plaats hier even de link die Ronnie probeert te vinden.
Ik gebruik deze namelijk ook altijd.
Deze is makkelijk te bebruiken.
Link
Ik gebruik deze namelijk ook altijd.
Deze is makkelijk te bebruiken.
Link