Dubbele functie gen? (At5g57360)

Jintram

Beste Mensen,

Ik moet een verslag schrijven over het gen At5g57360 om te oefenen met de genoomdatabase van http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Ik zit echter met een vraag. Als je via onderstaande link de informatie bij het gen bekijkt (wat dus van de Arabidopsis Thaliana is), zie je 2 dingen in de grotere zwarte tekst staan. Mijn vraag is nou: wat wordt er bedoeld met:

"At5g57360 F-box family protein / LOV kelch protein 1 (LKP1)"

Als ik op internet zoek blijkt dat F-box geval een of andere functie te vervullen bij het uitvoeren van substraatbinding, en de LKP1 vervult een rol bij het analyseren van zonlicht in verband met groei.

Het omschrijven van beide functies is niet zo'n probleem, maar op welke manier komen deze twee functies tot uiting vanuit dit gen? Ikzelf had bedacht dat er een aantal mogelijkheden zijn:

a) Er zijn gewoon 2 primers. Dit is vreemd omdat het dan eigenlijk toch gewoon 2 genen zijn?

b) Er is sprake van alternative splicing.

[edit]c) Hij maakt een eiwit met meerdere functies / deze substraatbindende functie is nodig voor de groei-functie.[/edit]

Is er iemand die weet hoe dit in elkaar zit of hoe ik dit het beste kan uitzoeken. Of misschien mis ik iets essentieels en kan iemand me hierop wijzen?

Alvast bedankt in elk geval!

Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...ist_uids=835842

Jintram

Mmm, ik zie nu dat het waarschijnlijk gewoon één functie, maar op twee manieren omschreven is (zie ook m'n edit), gezien deze link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...t_uids=18423971

Ik zal denk ik nog eens verder op zoek gaan naar de precieze werking van het eiwit, misschien dat dit meer oplevert dan me afvragen waarom hij twee functies heeft

.

Als iemand nog aanvullingen heeft zijn die toch nog welkom

Dino

een gen kan je op vele verschillende manieren knippen en plooie. Kijk naar origamie met een blladje van een zelfde formaat kan je duizende figuren maken.

In de biologie is de vorm van eiwitten van evengroot belang als hun bouwstenen.

Alternatieve spicing duid hier dus op het feit dat dit gen (met introns, enz enz ) op verschillende manieren geknipt en geprocest kan worden leidend naar 2 of meerdere eiwitten met andere functie.

zo iets heeft een naam poly-iets

polygenetisch?

xd

ps dit is trouwens niet zo uitzonderlijk! eigenlijk meer de regel;

M. Mulder

Dat heet polyploïdie !

Bas

Dat heet polyploïdie !

Nou, dacht het niet hoor... Dat is dat je meerdere sets chromosomen hebt

Anonymous

Ik kan niet meer inloggen, vandaar dat ik GAST ben,

Sorry ik had het verkeerd gelezen, tuurlijk is dat geen polyploïdie

Jintram

Volgens mij heet dat dus gewoon alternative splicing

Arjen

"At5g57360 F-box family protein / LOV kelch protein 1 (LKP1)"

Als ik op internet zoek blijkt dat F-box geval een of andere functie te vervullen bij het uitvoeren van substraatbinding, en de LKP1 vervult een rol bij het analyseren van zonlicht in verband met groei.

Als je kijkt naar de vorm van de twee verschillende namen dan kun je daar wat hints uit halen.

F-box family protein: als er wordt gesproken over een "X"-box en een family dan kun je hieruit meestal concluderen dat de indeling van dit eiwit in die familie is gebaseerd op de aminozuur sequentie van het eiwit. In dit geval zal de F-box een benaming zijn van een of meerdere geconserveerde aminozuur motieven die voorkomen bij bekende subraatbindende eiwitten. Het zegt dus niets over de "functie" maar juist iets over de biochemische activiteit.

LKP1: zoals je weet te melden heeft LKP1 een rol/functie in het analyseren van zonlicht en heeft het een rol in de signaalketen waardoor bepaald wordt of de groei wordt geremd of juist doorgaat. Dit zegt iets over de rol van het eiwit binnen de cel of in dit geval zelfs binnen het organisme. Deze naamgeving is waarschijnlijk (check de literatuur) het gevolg van experimenten waarbij het gen is gemuteerd of uitgeschakeld welke resulteerden in een "abnormale" groei van de plant.

Mijn gok is dat het eiwit doormiddel van de biochemische activiteit (het binden van producten van de fotosynthese?) een detectiefunctie heeft in de signaalketen dat de groei van de plant regelt.

Arjen

sdekivit

Dat heet polyploïdie !

nee het is polygenetisch, wat betekent dat het DNA bestaat uit introns en exons Eenzelfde stukje DNA kan dan voor meerdere functionele eiwitten zorgen. Monogenetische organismen zijn bacterien en die hebben geen introns en exons en kunen dus ook niet splicen.

Jintram

Arjen schreef:
"At5g57360 F-box family protein / LOV kelch protein 1 (LKP1)"

Als ik op internet zoek blijkt dat F-box geval een of andere functie te vervullen bij het uitvoeren van substraatbinding, en de LKP1 vervult een rol bij het analyseren van zonlicht in verband met groei.
Als je kijkt naar de vorm van de twee verschillende namen dan kun je daar wat hints uit halen.

F-box family protein: als er wordt gesproken over een "X"-box en een family dan kun je hieruit meestal concluderen dat de indeling van dit eiwit in die familie is gebaseerd op de aminozuur sequentie van het eiwit. In dit geval zal de F-box een benaming zijn van een of meerdere geconserveerde aminozuur motieven die voorkomen bij bekende subraatbindende eiwitten. Het zegt dus niets over de "functie" maar juist iets over de biochemische activiteit.

LKP1: zoals je weet te melden heeft LKP1 een rol/functie in het analyseren van zonlicht en heeft het een rol in de signaalketen waardoor bepaald wordt of de groei wordt geremd of juist doorgaat. Dit zegt iets over de rol van het eiwit binnen de cel of in dit geval zelfs binnen het organisme. Deze naamgeving is waarschijnlijk (check de literatuur) het gevolg van experimenten waarbij het gen is gemuteerd of uitgeschakeld welke resulteerden in een "abnormale" groei van de plant.

Mijn gok is dat het eiwit doormiddel van de biochemische activiteit (het binden van producten van de fotosynthese?) een detectiefunctie heeft in de signaalketen dat de groei van de plant regelt.

Arjen

Hartsikke bedankt voor je informatie!- Je hebt helemaal gelijk, ik heb gister toevallig vrij veel informatie gevonden. Ik zal nog even wat aanvullen voor de geinteresseerde.

Afbeelding

^http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/suti ... eid=835842

Zoals je ziet zijn er maar 2 exonen, dus van alternative splicing (het er ook uithalen van exonen) kan helemaal niet, daarbij wordt namelijk een lus gevormd waarbij een exon samen met een intronstuk uit het RNA wordt gehaald.

Verder zijn er in de literatuur inderdaad verwijzingen naar de functie van het F-box-familie geval binnen de fotoregulatie (bijvoorbeeld http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...654&query_hl=3).

Verder komt die F-box inderdaad ook nog in andere organismen terug, en hij ligt ook vaker bij dezelfde genen waar -ie bij de Arabidopsis ook bij ligt.

Jintram

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/...QUENCE=18423971

^Familie zoeken.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer....val=NM_125119.2

^Meer informatie over het geval.

http://www.blackwell-synergy.com/links/doi...bs/?cookieSet=1

^ LKP1

http://genomebiology.com/2000/1/5/reviews/3002

^ F-box proteine

Vooral http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...7654&query_hl=3 is dus wel praktisch.

Ik denk dat het wel goedkomt met m'n verslag, iedereen bedankt voor de hulp!

Jintram

En als afsluiting hierbij ook nog mijn verslag, misschien hebben mensen er nog wat aan in de toekomst. Bedankt!

http://home.hetnet.nl/~fam-wehrens/online_...e_at5g57361.doc

Wetenschapsforum

Laatste berichten

Nieuwsberichten

Dubbele functie gen? (At5g57360)

Dubbele functie gen? (At5g57360)

Re: Dubbele functie gen? (At5g57360)

Re: Dubbele functie gen? (At5g57360)

Re: Dubbele functie gen? (At5g57360)

Re: Dubbele functie gen? (At5g57360)

Re: Dubbele functie gen? (At5g57360)

Re: Dubbele functie gen? (At5g57360)

Re: Dubbele functie gen? (At5g57360)

Re: Dubbele functie gen? (At5g57360)

Re: Dubbele functie gen? (At5g57360)

Re: Dubbele functie gen? (At5g57360)

Re: Dubbele functie gen? (At5g57360)