Aantal vragen DNA elektroforese

grunneger

Hallo,

Wij hebben op school (vwo 6) een opdracht uitgevoerd met DNA elektroforese.

We hebben DNA van chromosoom 16 onderzocht, We testen of je homozygoot positief, homozygoot negatief of heterozygoot bent voor het ALU fragement op chromosoom 16.

Eerst hebben we DNA geisoleerd, daarna de PCR en ten slotte de elektroforese.

Hierover moet ik een verslag maken.

Ik ben al aardig op weg, maar het is zeer moeilijk. Op internet kan ik ook lang niet alles vinden, en jullie hebben er wel verstand van dacht ik!

Enkele dingen:

-InstaGene Matrix gebruikt

-Dmv centrifuge DNA 'pellet' verkregen

-Als kleurstof bij de elektroforese PV92 XC

-TAE buffer

De proef is mislukt, er was vrijwel niks te zien. Dit scheen te liggen aan de gel, fabrikant was gebeld en over deze gel was nog een klacht binnen gekomen.

Nu enkele vragen:

-Wat zou er mis kunnen zijn met die gel?

Rechtstreeks licht heeft ook negatieve invloed op het verloop van de proef hoorde ik?

-Welk doel heeft InsatGene matrix nou precies? Ik kan er weinig over vinden, het is een soort celontbindend stofje zodat je alleen het echte DNA over houdt? Of?

-De buffer, de buffer zorgt er toch voor dat de pH niet te hoog en niet te laag wordt? Omdat dit invloed heeft op de proef. Ik las iets over zwakke zuren en basen, die worden dan geneutraliseerd oid door die buffer?

-Ook moet ik uitleggen wat het ALU fragement nou precies is.

Heb wel zitten zoeken maar kan nog niet echt het heel duidelijk vinden wat dat ALU fragment nou doet.

Alvast bedankt!

Roy van Heesbeen

-Wat zou er mis kunnen zijn met die gel?

Rechtstreeks licht heeft ook negatieve invloed op het verloop van de proef hoorde ik?

Er kan nooit heel veel mis zijn met de gel, je buffer kan niet goed zijn, maar ook de agarose kan onzuiver zijn. Wat bedoel je met rechtstreeks licht? UV licht kan schade toebrengen aan het DNA maar niet aan de gel, maar daar heb je in een lokaal op school geen last van.

-Welk doel heeft InsatGene matrix nou precies? Ik kan er weinig over vinden, het is een soort celontbindend stofje zodat je alleen het echte DNA over houdt? Of?

Waarschijlijk heb je dit gebruikt om je monster te bewerken. Hierin zit meestal een lysisbuffer die cellen en eiwitten kapot maakt en het DNA blijft hierin stabiel zodat het geschikt is voor PCR gebruik.

-De buffer, de buffer zorgt er toch voor dat de pH niet te hoog en niet te laag wordt? Omdat dit invloed heeft op de proef. Ik las iets over zwakke zuren en basen, die worden dan geneutraliseerd oid door die buffer?

Omdat je DNA fragmenten wilt scheiden op grootte maak je gebruik van de negatieve lading van het DNA. Door stroom door de gel te laten lopen bewegen de DNA fragmenten naar de positieve pool toe. Water geleidt geen stroom, dus vandaar dat je een TAE buffer gebruikt. Hierin blijft ook je DNA stabiel.

-Ook moet ik uitleggen wat het ALU fragement nou precies is

Hier staat wat goede (Engelse) info over de ALU sequentie.

http://en.wikipedia.org/wiki/Alu_sequence

grunneger

Oke bedankt,

het meeste komt nu goed.

De gel, tja, ik weet niet wat er mis zou moeten zijn maar het was niet goed.

Als de buffer nie tgoed is wordt de stroom slecht geleidt en werkt het dus niet?

Zo moet ik dat zien?

En als de agarose onzuiver is hebben de DNA deeltjes niet overal evenveel 'weerstand'

en is het niet betrouwbaar?

Dan nog even over die ALU, heb de link bekeken nog verder gezocht, maar wat is nou het doel om te onderzoeken

of je op chromosoom 16 daar ++, -- of +- voor bent?

En zoja, wat dan? Alu fragementen zijn soort springende genen.

Maar wát is het nou precies? En wat is er belangrijk aan om te weten of je dus ++ enz bent? Want dat snap ik nog niet helemaal.

Roy van Heesbeen

De gel, tja, ik weet niet wat er mis zou moeten zijn maar het was niet goed. Als de buffer nie tgoed is wordt de stroom slecht geleidt en werkt het dus niet? Zo moet ik dat zien?

Bij een verkeerde bufferconcentratie heb je een te hoge of te lage spanning, hierdoor kan je gel warm worden en smelten en dit is uiteraard niet goed voor je gel.

En als de agarose onzuiver is hebben de DNA deeltjes niet overal evenveel 'weerstand' en is het niet betrouwbaar?

Als je agarose niet goed is opgelost, dan kunnen er verschillende agarose concentraties ontstaan in de gel, waardoor je fragmenten anders door de gel gaan. Tevens kunnen er ook andere onzuiverheden inzitten die DNA afbreken.

Dan nog even over die ALU, heb de link bekeken nog verder gezocht, maar wat is nou het doel om te onderzoeken of je op chromosoom 16 daar ++, -- of +- voor bent?

Wat het betekend weet ik niet, ik ken het doel van je experiment niet. Op chromosoom 16 ligt een sequentie die je wil onderzoeken. Sommige mensen hebben die sequentie op beide chromosomen niet (--), sommige maar op één chromosome (+-) en sommige op beide (++).

De Alu sequence valt onder de retrotransposons, dat zijn sequenties die zichzelf kunnen vermenigvuldigen in het genome. Als je retrotransposons googled, dan krijg je vast wel wat goede info.

grunneger

Oke, bedankt, ik weet genoeg en komt vast goed nu

Heb wel wat kunnen vinden na wat gekoekel!

Ragbips

Guido, er was waarschijnlijk bij het vervoer wat misgegaan aangezien het product gekoeld bewaard moest worden. Dhr. Schwab dacht dat het hier mis was gegaan. Dat instagene is inderdaad de lysis om bijvoorbeeld de histonen mee te 'slopen'.

Waar de TAE goed voor was wist ik ook niet, bedankt Roy.

Nikos

hey andere grunneger

Dat bedrijf die de spullen leverde had een handboek waarin heel veel stond.

Vraag dhr. S daar eens naar

(die gaf S vorig jaar volgens mij wel aan mij..)

Ik heb mijn verslag nog eens proberen op te zoeken maar kan het niet vinden.

Waren al meer mensen die naar info vroegen

Ragbips

Ah jammer dat je die niet kon vinden. Dat boek vragen is geen optie aangezien ik mijn verslagen altijd op het laatste moment maak, oftewel nu.

Met een beetje zoekwerk is er genoeg te vinden over het ALU fragment op chromosoom 16. Wat er niet bij is verteld is dat het over een insertie van het ALU fragment gaat in locus PV92, wel belangrijk om te weten, aangezien ALU fragmenten op heel veel chromosomen veelvuldig voor kunnen komen.

En dat fragment is een transposon. Dus genoeg trefwoorden tot nu toe om op te googelen, komt goed ;P

Nikos

Nog even zitten zoeken naar dat handboek.

Volgens mij was het van bio-rad dus moet je even zoeken

en mijn po kan ik echt nergens vinden...

edit:

volgens mij was het zoiets: http://www.bio-rad.com/LifeScience/pdf/Bulletin_4110052.pdf

Ragbips

Ach dat geeft niet, plagiaat is ook niet alles

Maar inderdaad, dat was bio-rad, dank je. Ik zit nu op die site te kijken bij de PV92 PCR Informatics Kit, en daar staat eigenlijk alles wel wat ik nodig heb!

Over die ALU sequentie op PV92 staat op wikipedia trouwens niets, en de rest wat over het ALU fragment gaat verwijst meteen weer naar allerlei enge ziektes. Ik neem aan dat het ALU fragment op PV92 nergens invloed op heeft? Volgens mij is het dan een intron, maar verbeter me als ik het mis heb.

grunneger

@BD, waar had je m'n naam zien staan?

Of gokje?

@Nikos, jij bent dinges zeker die ook gek van computers is en veel met buys omging/omgaat? ff naam vergeten...

Op die site van bio-rad staat idd veel info nog!

Volgens mij heet het ALU fragment op PV92 idd nergens invloed op. Op veel andere plekken kan het idd verwijzen naar kanker enz.

Wetenschapsforum

Laatste berichten

Nieuwsberichten

Aantal vragen DNA elektroforese

Aantal vragen DNA elektroforese

Re: Aantal vragen DNA elektroforese

Re: Aantal vragen DNA elektroforese

Re: Aantal vragen DNA elektroforese

Re: Aantal vragen DNA elektroforese

Re: Aantal vragen DNA elektroforese

Re: Aantal vragen DNA elektroforese

Re: Aantal vragen DNA elektroforese

Re: Aantal vragen DNA elektroforese

Re: Aantal vragen DNA elektroforese

Re: Aantal vragen DNA elektroforese